Thụy Khuê Khảo sát công trạng của những người Pháp giúp vua Gia Long
Chương 3
Tóm tắt giai đoạn lịch sử 1777- 1802
Trước khi tìm hiểu công trạng của những người Pháp đến giúp vua Gia Long, chúng ta cần nhìn lại bối cảnh chung của cuộc nội chiến Nguyễn Ánh-Tây Sơn trong 25 năm, từ 1777 đến 1802. Chúng tôi tóm lược toàn cảnh qua lăng kính của Đại Nam Thực Lục và Đại Nam Liệt Truyện. Tuy gọi Tây Sơn là ngụy, là giặc, nhưng sử thần triều Nguyễn ghi chép rất kỹ về giai đoạn này. Trong hành trình tìm kiếm sự thực ở những chương sau, chúng ta luôn luôn phải trở lại những mốc thời gian của lịch sử và do đó, chương này sẽ giúp ta định được vị trí của mỗi bối cảnh, mỗi sự kiện.
I- Sự tranh chấp giữa Nguyễn Huệ và Nguyễn Ánh
Chúa Nguyễn chạy vào Gia ĐịnhChúa Nguyễn ở trong Nam kể từ Nguyễn Hoàng (1600-1613) đến Võ Vương Nguyễn Phước Khoát (1738-1765) là đời thứ tám. Võ Vương mất, di chúc lập con thứ hai là Nguyễn Phước Luân hay Cốn[1], cha của Nguyễn Phước Ánh lên ngôi (Hoàng tử trưởng là Nguyễn Phước Chương mất sớm, hoàng tử thứ chín là Nguyễn Phước Hiệu được chọn làm thế tử, cũng mất; con là hoàng tôn Nguyễn Phước Dương còn nhỏ). Trương Phước Loan chuyên quyền, bắt Nguyễn Phước Luân giam vào ngục, khi tha về thì chết. Phước Luân được gọi là Hưng tổ. Lúc đó Nguyễn Ánh mới 3 tuổi (tên húy là Chủng, Noãn và Ánh, sinh ngày 8/2/1762). Chủng là tên lúc nhỏ, lớn dùng tên Ánh. Trương Phước Loan lập con thứ 16 của Võ Vương là Nguyễn Phước Thuần, 11 tuổi[2] lên ngôi, tức Duệ Tông Hiếu Định Hoàng Đế còn gọi là Định Vương. Tháng 3/1773 (tháng 2/Quý Tỵ), Tây Sơn khởi nghiệp; chiếm Qui Nhơn, Quảng Nam, Quảng Ngãi và Bình Thuận. Nhưng một năm sau, tháng 4-5/1774 (tháng 4/Giáp Ngọ), tướng nhà Nguyễn Tống Phước Hiệp[3] chiếm lại được 3 phủ Bình Thuận, Diên Khánh và Bình Khang[4]. Ở Bắc, chúa Trịnh Sâm (1767-1782) thấy trong Nam có biến, bèn quyết định đánh; tháng 6-7/1774 (tháng 5 ÂL) sai Hoàng Ngũ Phúc làm thống tướng cùng Bùi Thế Đạt, Hoàng Phùng Cơ và Hoàng Đình Thể tiến vào Nam; tháng 11/1774 (tháng 10 ÂL) quân Trịnh vượt sông Gianh. Tháng 12/1774 (tháng 11 ÂL) Trịnh Sâm đem thủy quân vào Nghệ An, đóng ở Hà Trung[5]. Cuối tháng 1/1775 (tháng 12 Giáp Ngọ) Hoàng Ngũ Phúc chiếm được Phú Xuân (Huế). Tháng 2/1775 (tháng 1/Ất Mùi) Định Vương chạy vào Quảng Nam, lập cháu là Nguyễn Phước Dương[6] làm Thế tử (Đông cung) sai ở lại trấn thủ đất Quảng Nam, rồi cùng cháu là Nguyễn Phước Ánh (13 tuổi) con thứ ba của Hưng Tổ Nguyễn Phước Luân và cung quyến chạy vào Gia Định. Chữ Gia Định, thời ấy, vừa chỉ Sài Gòn, vừa chỉ cả miền Nam. Nguyễn Ánh, dù nhỏ tuổi, được dự bàn việc quân với chức Chưởng sử, coi quân Tả dực[7]. Tống Phước Hiệp làm Tiết chế. Mạc Thiên Tứ[8] đem các con đến yết kiến, được thăng làm Đô đốc, các con làm Chưởng Cơ, Cai Cơ, đóng giữ đạo Trấn Giang [khu vực Cần Thơ][9]. Nguyễn Nhạc tiến đánh Quảng Nam. Đông Cung đóng quân ở Cu Đê[10]. Tháng 3/1775 (tháng 2 ÂL) Hoàng Ngũ Phúc vượt đèo Hải Vân vào đánh Quảng Nam. Nguyễn Nhạc cùng các tướng Tập Đình và Lý Tài, người Tầu, giao tranh với quân Trịnh của Hoàng Đình Thể và Hoàng Phùng Cơ ở Cẩm Sa. Thua trận, Tập Đình trốn về Quảng Đông. Lý Tài chạy về Bản Tân [biên giới Quảng Nam]. Nguyễn Nhạc đem Đông Cung Phước Dương về Quy Nhơn. Tháng 6/1775 (tháng 5 ÂL), Tống Phước Hiệp chiếm lại Phú Yên. Tháng 8/1775 (tháng 7 ÂL), Nguyễn Huệ tấn công Phú Yên. Phước Hiệp thua, lui giữ Hòn Khói. Châu Văn Tiếp, người Phú Yên, đem 1000 quân về theo Tống Phước Hiệp. Lý Tài bỏ Tây Sơn theo chúa Nguyễn. Tháng 11/1775) (tháng 10 ÂL), Hoàng Ngũ Phúc, đóng ở Châu Ổ [địa giới Quảng Ngãi], quân bị bệnh dịch, chết một nửa, xin Trịnh Sâm cho rút về Thuận Hoá, rồi mất ở dọc đường. Đỗ Thanh Nhơn chiếm lại Gia ĐịnhTháng 3-4/1776 (tháng 2 Bính Thân), Nguyễn Nhạc sai Nguyễn Lữ vào chiếm Gia Định. Tống Phước Hựu đưa Định Vương chạy về Trấn Biên [Biên Hoà], mộ quân cần vương. Tháng 4-5/1776, (tháng 3 ÂL) Nguyễn Nhạc đắp thành Trà Bàn [Quy Nhơn], lên ngôi vua là Tây Sơn Vương. Cho Lữ làm thiếu phó, Huệ làm phụ chính. Tháng 6-7/1776 (tháng 5 ÂL), Đỗ Thành Nhơn, người huyện Hương Trà (Huế), năm 1775, theo Duệ Tông vào Gia Định. Khi Nguyễn Lữ đánh Gia Định năm 1776, Đỗ Thanh Nhơn tập hợp hảo hán ở Ba Giồng[11], gồm: Nguyễn Huỳnh Đức (Nguyễn Hoàng Đức), Trần Búa, Đỗ Vàng, Đỗ Tai, Võ Nhan, Đỗ Bảng và 3000 quân "Đông Sơn cần vương", tự xưng là Đông Sơn thượng tướng quân, chiếm lại Gia Định. Nguyễn Lữ thua chạy, chở 200 thuyền thóc về Quy Nhơn. Tháng 7-8/1776 (tháng 6 ÂL) Tống Phước Hiệp mất. Lý Tài, trước theo chúa Nguyễn, nay làm phản, giữ núi Châu Thới. Đỗ Thanh Nhơn đánh không được. Định Vương phải chạy trốn. Tháng 11-12/1776 (tháng 10 ÂL), Đông Cung Phước Dương trốn được Nguyễn Nhạc chạy vào Gia Định, đem quân dẹp Lý Tài. Thấy cờ hiệu của Đông Cung, Lý Tài quy hàng. Tháng 12/1776-1/1777 (tháng 11 ÂL) Lý Tài đón Đông Cung về Gia Định, Định Vương nhường ngôi cho Đông Cung làm Tân Chính Vương, còn mình lên làm Thái Thượng Vương. Đội trưởng Võ Di Nguy và Tô Văn Đoài đem 200 quân, từ Quy Nhơn, về giúp chúa Nguyễn.
Nguyễn Huệ đánh Gia Định lần thứ nhất, diệt chúa NguyễnTháng 2/1777 (tháng 1/Đinh Dậu) Nguyễn Nhạc xin Trịnh Sâm cho làm trấn thủ Quảng Nam để yên mặt Bắc. Sau khi Hoàng Ngũ Phúc chết, Trịnh Sâm không muốn tiếp tục chiến tranh, thuận cho. Tháng 4-5/1777 (tháng 3 Đinh Dậu), Nguyễn Nhạc sai Nguyễn Huệ vào đánh Gia Định. Lý Tài giữ Sài Gòn. Tân Chính Vương giữ Trấn Biên [Biên Hoà]. Lý Tài thua chạy đến Ba Giồng [Định Tường] bị quân Đông Sơn giết chết. Tân Chính Vương lui về Tranh Giang [Gia Định]. Định Vương chạy đến Đăng Giang [Định Tường]. Nguyễn Ánh đem 4000 quân Đông Sơn đến đón, Định Vương đem quân về Tài Phụ [tức Giồng Tài, Gia Định]. Tháng 5/1777 (tháng 4 ÂL), Nguyễn Huệ đánh Tài Phụ. Định Vương chạy sang Long Hưng, bị đuổi, chạy đến Cần Thơ hợp với quân của Mạc Thiên Tứ. Định Vương sai Đỗ Thanh Nhơn đi Bình Thuận gọi Châu Văn Tiếp, Trần Văn Thức về cứu. Tây Sơn đánh Tranh Giang [Gia Định], Tân Chính Vương lui về Trà Tân [Định Tường], Chưởng cơ Thiêm Lộc đón Vương đến Ba Việt [Vĩnh Long]. Tân Chính Vương sai Tống Phước Hựu giữ Mỹ Lung [Vĩnh Long], Thiêm Lộc giữ Hương Đôi [Vĩnh Long]. Tống Phước Hoà [em họ Tống Phước Hiệp] thống lãnh quân đội. Tháng 8/1777 (tháng 7 ÂL) Trần Văn Thức đem quân Phú Yên về giúp, thua trận, chết ở Bình Thuận. Tây Sơn đánh Ba Việt, các tướng Tôn Thất Chí, Nguyễn Mẫn, Tống Phước Hựu đều bị bệnh chết, chỉ còn một mình Chưởng cơ Tống Phước Hoà chống trả, thắng nhiều trận. Tháng 9/1777 (tháng 8 ÂL) Nguyễn Huệ thân đánh Hương Đôi. Thiêm Lộc chạy đi Ba Việt. Tân Chính Vương thấy quân ít thế cô, muốn chạy lên Bình Thuận họp với quân Châu Văn Tiếp, nhưng không thành. Tống Phước Hoà thấy không thể cứu được chúa, tự tử. Ngày 19/9/1777 (ngày Tân Hợi 18/8/Đinh Dậu) Tân Chính Vương và 18 quan theo hầu bị giết. Sau được truy tặng là Mục Vương. Còn Định Vương Nguyễn Phước Thuần chạy đi Long Xuyên. Tháng 10/1777 (tháng 9 ÂL), Nguyễn Huệ sai Chưởng cơ Thành đánh Long Xuyên. Ngày 18/10/1777 (ngày Canh Thìn 18/9/Đinh Dậu), Định Vương bị giết cùng với Tôn Thất Đồng (con thứ hai Hưng tổ, anh ruột Nguyễn Ánh) và các tướng: Trương Phước Thận, Lưu thủ Lương (không rõ họ), Nguyễn Danh Khoáng. Một mình Nguyễn Ánh, 15 tuổi, chạy thoát. Nguyễn Huệ đem quân về Quy Nhơn, để các tướng Chu, Hãn, Oai, Hoà, Chấn (không rõ họ) chia giữ các dinh ở Gia Định.
Nguyễn Ánh lấy lại Gia Định, xưng vươngMột tháng sau, Nguyễn Ánh xuất hiện lại ở Long Xuyên. Tháng 11/1777 (tháng 10 ÂL), Nguyễn Ánh tiến đến Sa Đéc cùng Đỗ Thanh Nhơn, Lê Văn Quân, họp các tướng cũ: Nguyễn Văn Hoằng, Tống Phước Khuông, Tống Phước Lương, Dương Công Trừng, Hồ Văn Lân. Tháng 12/1777, quân Nguyễn đánh úp Long Hồ [Vĩnh Long]. Tháng 1/1778 (tháng 12 Đinh Dậu) Đỗ Thanh Nhơn chiếm lại Sài Gòn. Tháng 2/1778 (tháng 1 Mậu Tuất) Nguyễn Ánh, 16 tuổi, được các tướng tôn làm Đại nguyên soái. Tháng 3/1778 (tháng 2 ÂL), Tổng đốc Chu (Tây Sơn) đánh Trấn Biên [Biên Hoà] và Phiên Trấn [Gia Định]. Tháng 4/1778 (tháng 3 ÂL), Nguyễn Ánh sai đóng hơn 50 chiến hạm gọi tên là thuyền hiệu [tầu chiến] Long Lân và mua nhiều bè hoả công. Tháng 6/1778 (tháng 5 ÂL), Lê Văn Quân và Đỗ Thanh Nhơn dẹp xong quân Tây Sơn ở Gia Định, Lê Văn Quân tiến đánh Bình Thuận. Tháng 6/1778, tại Quy Nhơn, Nguyễn Nhạc lên ngôi hoàng đế, hiệu là Thái Đức, phong Nguyễn Lữ làm Tiết chế, Nguyễn Huệ làm Long Nhương tướng quân. Trong hai năm (1778-1779), ở tuổi 16 và 17, Nguyễn Ánh tổ chức lại Gia Định. Tháng 4-5/1779 (tháng 3 Kỷ Hợi), rước Từ cung từ Quảng Trị về Gia Định (khi Hoàng Ngũ Phúc chiếm Phú Xuân năm 1774, mẹ Nguyễn Ánh và các công chúa chạy ra Quảng Trị). Tháng 7-8/1779 (tháng 6 ÂL), Ánh sai Đỗ Thanh Nhơn, Hồ Văn Lân, Dương Công Trừng đánh Chân Lạp, giết Nặc Vinh (kẻ thoán ngôi) lập Nặc Ấn lên, để Hồ Văn Lân ở lại bảo hộ Chân Lạp. Tháng 12/1779-1/1780 (tháng 11 ÂL) Ánh chia lại đất Gia Định. Lập hành chính và quan thuế. Ngày 28/2/1780 (ngày Quý Mão 24/1/Canh Tý) Nguyễn Ánh xưng vương. Thăng chức cho các tướng: Đỗ Thanh Nhơn, Tống Phước Khuông, Tống Phước Lương, Nguyễn Đình Thuyên, Trần Đại Thể. Lập các bộ: Lại, do Hồ Đồng phụ trách. Hộ, Trần Phúc Giai. Lễ, Nguyễn Nghi. Binh, Minh (không rõ họ). Hình, Trần Minh Triết. Ngày 6/4/1780 (ngày Tân Tỵ 2/3/Canh Tý) sinh Hoàng tử Cảnh, con của nguyên phi Tống thị. Bà là con gái quan đại thần Tống Phước Khuông, Ánh cưới năm Mậu Tuất (1778), lúc 16 tuổi. Tháng 5/1780 (tháng 4 ÂL) Đỗ Thanh Nhơn và Dương Công Trừng, tìm cách móc các thuyền chiến lại với nhau, đánh chiếm được Trà Vinh. Tháng 7/1780 (tháng 6 ÂL) gia đình Mạc Thiên Tứ bị vua Xiêm giết hại[12]. Tháng 8/1780 (tháng 7 ÂL) Nguyễn Vương đóng thêm thuyền chiến. Đỗ Thanh Nhơn sáng tạo thuyền trường đà (bánh lái dài), rất lợi hại. Đêm 16/4/1781 (23/3/Tân Sửu)[13], Đỗ Thanh Nhơn chuyên quyền bị giết. Quân Đông Sơn nổi dậy. Tháng 5-6/1781 (tháng 5 ÂL) Nguyễn Vương duyệt binh: khoảng 3 vạn quân, 80 thuyền đi biển, 3 thuyền chiến lớn, 2 tầu Tây, định đi đánh Tây Sơn, nhưng xẩy ra cuộc biến Đông Sơn, phải rút quân về. Tháng 6-7/1781 (tháng 5 nhuận), thuộc hạ của Đỗ Thanh Nhơn tiếp tục chống lại Nguyễn Ánh.
Nguyễn Huệ đánh Gia Định lần thứ haiTháng 4-5/1782 (tháng 3/Nhâm Dần) Nguyễn Nhạc và Nguyễn Huệ đem 100 chiến thuyền tiến vào cửa Cần Giờ. Nguyễn Vương sai Tống Phước Thiêm thống lãnh quân đội, bày thủy trận ở Ngã Bẩy[14]. Quân Nguyễn thua to. Thực Lục ghi: "Một mình Cai cơ là Mạn Hoè (Emmanuel) đi tầu tây [không biết là tầu gì] cố sức đánh rất lâu. Giặc đổ quân bao vây bốn mặt, ném hoả khí đốt tầu, Mạn Hoè bị chết"[15]. Sau được truy tặng Hiếu nghiã công thần phụ quốc thượng tướng quân, được thờ ở đền Hiển Trung ở Gia Định[16]. Đối với triều Nguyễn, Mạn Hoè là người Pháp có công lớn nhất trong thời kỳ lịch sử này. Nguyễn Ánh đốc binh giao tranh ở Ngã Ba [Ngã ba Nhà Bè, Biên Hoà], thua, chạy về Ba Giồng. Tống Phước Thiêm, lúc trước xui vua giết Đỗ Thanh Nhơn, bị quân Đông Sơn thù, giết chết. Nguyễn Vương chạy ra Phú Quốc. Tháng 6-7/1782 (tháng 5 ÂL) Nguyễn Nhạc và Nguyễn Huệ trở về Qui Nhơn, để hàng tướng Đông Sơn là Đỗ Nhàn Trập ở lại giữ Gia Định. Tháng 9-10/1782 (tháng 8 ÂL), Châu Văn Tiếp chiếm lại Gia Định, đón Nguyễn Ánh về. Nguyễn Ánh sửa sang quân ngũ: Châu Văn Tiếp làm ngoại tả Chưởng dinh, Tôn Thất Dụ làm ngoại hữu Chưởng dinh... Sai cai cơ Trung thủy Võ Di Nguy, cai cơ Tiền thuỷ Trương Phước Dĩnh tập hợp những thủy binh ngạch cũ, sửa đóng chiến thuyền. Tây Sơn quyết định đánh Gia Định. Nguyễn Ánh được tin Tây Sơn sắp vào, sai đắp đồn Thảo Câu [Vàm Cỏ] và đồn Giác Ngư [Cá Trê][17] ở phiá Nam và phía Bắc sông lớn Gia Định, giao cho Dương Công Trừng và Tôn Thất Mân giữ. Trên sông dàn 100 chiến thuyền do Châu Văn Tiếp, Tôn Thất Cốc, Võ Di Nguy... quản thủ. Giám quân Tô Văn Đoài coi bè hoả công. Nguyễn Huệ đánh Gia Định lần thứ baTháng 2/1783 (tháng 1/Quý Mão), đại binh Nguyễn Lữ và Nguyễn Huệ từ cửa Cần Giờ đánh lên, tư khấu Tây Sơn Nguyễn Văn Kim đánh bờ Bắc, đô đốc Lê Văn Kế đánh bờ Nam. Bè hoả công của quân Nguyễn bị ngược gió, quay trở lại đốt thuyền mình. Tôn Thất Mân tử trận, Dương Công Trừng bị bắt. Châu Văn Tiếp chạy sang Xiêm cầu cứu. Nguyễn Ánh chạy đi Ba Giồng, bầy tôi chỉ còn nhóm Nguyễn Kim Phẩm 5, 6 người. Số quân không đầy 100. Tháng 5/1783 (tháng 4 ÂL), Nguyễn Ánh lại tập họp các đạo quân: Nguyễn Kim Phẩm tiên phong, đóng ở Đồng Tuyên [Gia Định]. Nguyễn Huệ tiến đánh Đồng Tuyên. Quân Nguyễn thua to, các tướng: Đồng bị bắt, Minh, Quý, Thuyên, Huề đều tử trận. Nguyễn Ánh chạy đi Lật Giang [Gia Định] nước sông chảy mạnh. Ánh bơi giỏi, thoát chết, binh sĩ chết đuối nhiều. Ánh đi Mỹ Tho, lấy thuyền chở cung quyến ra Phú Quốc, sai Tôn Thất Cốc và Trần Đĩnh ra Cần Giờ thăm thú tình hình. Đĩnh không theo lệnh, bị Cốc giết. Đồ đảng của Đĩnh là Trần Hưng và Lâm Húc (người Tầu) chiếm giữ Hà Tiên[18]. Nguyễn Ánh hay tin, đem binh thuyền đến đánh, Trần Hưng và Lâm Húc bỏ chạy. Nguyễn Kim Phẩm về Hà Tiên thu quân. Tướng Xiêm Vinh Li Ma đem 200 quân và chục chiến thuyền đến theo. Tháng 7/1783 (tháng 6 ÂL) Nguyễn Ánh đóng ở hòn Điệp Thạch (đá chồng) Phú Quốc, Phan Tiến Thuận (Tây Sơn) đến đánh, Lê Phước Điển mặc áo ngự, liều mình cứu vua. Tháng 7/1783, Tôn Thất Điển (con thứ sáu Hưng tổ, em Nguyễn Ánh), Tôn Thất Cốc, chưởng cơ Hoảng và Vinh Li Ma đều bị Tây Sơn bắt, giết. Vợ Hoảng tự tử. Nguyễn Ánh chạy thoát ra Côn Lôn. Tháng 8/1783 (tháng 7 ÂL) Nguyễn Huệ sai phò mã Trương Văn Đa vây Côn Lôn. Nhờ bão, thuyền Tây Sơn bị đắm, Nguyễn Ánh vượt vòng vây, đến đảo Cổ Cốt, rồi quay về Phú Quốc. Quân lính phải ăn cỏ, ăn rễ cây. Nguyễn Đức Xuyên liều chết kiếm đồ ăn cho Nguyễn Ánh. Nghe tin Bá Đa Lộc ở Chân Bôn [Chantabun, Xiêm], Ánh sai người đến mời, trao Hoàng tử Cảnh, 3 tuổi, cùng với quốc ấn cho Bá Đa Lộc đem đi ẩn trốn, để mẫu hậu và hoàng hậu ở lại Phú Quốc[19]. Tuy nhiên trong thư viết từ Pondichéry ngày 20/3/1785[20] cho Hội truyền giáo, Bá Đa Lộc không nói đến việc này. Thuyền Nguyễn Ánh tới cửa biển Ma Li [huyện Yên Phước, tỉnh Bình Thuận] bị vây rất ngặt, chạy quanh bẩy ngày đêm, mới trở lại được Phú Quốc. Quần thần còn lại: Tôn Thất Huy, Tôn Thất Hội, Đỗ Văn Hựu, Nguyễn Văn Thành, Lê Văn Duyệt, Nguyễn Văn Khiêm và Nguyễn Đức Xuyên. Nguyễn Huệ và Nguyễn Lữ về lại Quy Nhơn, để Trương Văn Đa ở lại giữ Gia Định.
Nguyễn Ánh cầu viện quân Xiêm, Châu Văn Tiếp tử trậnTháng 2/1784 (tháng 1/Giáp Thìn) Nguyễn Ánh trú ở đảo Thổ Châu. Các tướng Hồ Văn Lân, Tôn Thất Hội, Lê Văn Quân, thua trận, chạy sang Xiêm. Tháng 3-4/1784 (tháng 2 ÂL) Nguyễn Ánh chạy sang Xiêm, có hơn 30 quan đi theo và vài chục lính. Tháng 4-5/1784 (tháng 3 ÂL) Nguyễn Ánh đến Vọng Các, được tiếp đón tử tế. Châu Văn Tiếp sau khi thua trận, đã sang Xiêm cầu viện trước, được vua Xiêm chấp thuận, định ngày cử binh. Tháng 7-8/1784 (tháng 6 ÂL) Nguyễn Ánh về Gia Định cùng với quân Xiêm. Vua Xiêm sai hai người cháu là Chiêu Tăng và Chiêu Sương đem hai vạn thuỷ binh và 300 chiến thuyền về giúp. Nguyễn Ánh phong Châu Văn Tiếp làm Bình Tây đại đô đốc, điều bát các quân. Tháng 8-9/1784 (tháng 7 ÂL) quân Nguyễn và Xiêm tiến đánh Kiên Giang, chiếm được Ba Xác, Trà Ôn, Mân Thít, Sa Đéc. Lấy Mạc Tử Sinh (con Mạc Thiên Tứ) làm tham tướng Hà Tiên. Tháng 11-12/1784 (tháng 10 ÂL) Châu Văn Tiếp đánh trận trên sông Mân Thít [Vĩnh Long], chống với Chưởng tiền Bảo của Tây Sơn, bị gươm đâm trúng, tử trận. Tháng 12/1784-1/1785 (tháng 11 ÂL) Nguyễn Ánh sai Lê Văn Quân làm Tổng nhung, chiếm lại được 2 đồn Ba Lai và Trà Tân ở Định Tường. Thái giám Lê Văn Duyệt và đội trưởng Lê Văn Khiêm, trước bị Tây Sơn bắt, nay trốn được về. Nguyễn Ánh sai Cai đội Nguyễn Văn Thành đi thu phục quân Đông Sơn. Quân Xiêm tàn bạo đi đến đâu là cướp bóc.
Nguyễn Huệ vào Gia Định lần thứ tư, đại phá quân XiêmTháng 1-2 /1785 (tháng 12 Giáp Thìn) Nguyễn Huệ vào Gia Định, phục quân ở Rạch Gầm và sông Xoài Mút thuộc tỉnh Định Tường, phá tan 2 vạn Xiêm. Lê Văn Quân thua chạy. Nguyễn Ánh chạy đi Trấn Giang (Cần Thơ), bầy tôi còn lại hơn 10 người. Trong khi ấy, Bá Đa Lộc, vẫn còn quanh quẩn ở trong vùng, chưa đi. Sau khi Nguyễn Huệ phá tan quân Xiêm, Nguyễn Ánh mới khẩn cấp giục Phạm Văn Nhơn, Nguyễn Văn Liêm và Bá Đa Lộc đem Hoàng tử Cảnh (4 tuổi) sang Tây cầu viện. Bá Đa Lộc đến Pondichéry (Ấn độ) cuối tháng 2/1785[21]. Tháng 2-3/1785 (tháng 1 Ất Tỵ) Nguyễn Ánh ở đảo Thổ Châu. Tháng 4-5/1785 (tháng 3 ÂL), quân Tây Sơn đuổi đến Thổ Châu, Nguyễn Ánh chạy qua đảo Cổ Cốt, rồi sang Xiêm. Nguyễn Huệ rút quân về Quy Nhơn để Đặng Văn Trấn (Chấn) giữ Gia Định.
Nguyễn Ánh tạm trú ở Xiêm LaKhi Nguyễn Ánh chạy sang Xiêm, năm 1785, đi theo, có 30 quần thần, 200 quân và 5 chiến thuyền: Phượng Phi, Bằng Phi, Hùng Trì, Chính Nghi, Thuyền Ô[22]. Điều này chứng tỏ Nguyễn Ánh đã có thuyền bọc đồng (Phượng Phi và Bằng Phi) từ năm 1785. Trong số quần thần đi theo có: Tốn Thất Hội, Trương Phước Dĩnh, Nguyễn Văn Định, Trương Phước Luật, Tống Phước Ngạn, Nguyễn Văn Thành, Đỗ Văn Hựu, Tô Văn Đoài, Nguyễn Văn Mẫn, Lê Văn Duyệt, Nguyễn Đức Xuyên, Nguyễn Văn Khiêm... nhiều người sẽ lập công lớn sau này. Nguyễn Ánh xin trú ở Long Kỳ (Xiêm gọi là Đồng Khoai), ngoại thành Vọng Các, sai người đi đón quốc mẫu và cung quyến sang. Tháng 6-7/1785 (tháng 5 ÂL), Lê Văn Quân đem 600 quân đến Vọng Các, nhiều quần thần cũ tiếp tục sang theo. Nguyễn Ánh sai làm đồn điền nuôi quân, sai ra hải đảo đóng thuyền chiến, sai người ngầm về Gia Định mộ lính. Tháng 1/1786 (tháng 12 Ất Tỵ) Dương Công Trừng sau khi thua trận Giác Ngư bị bắt, trốn thoát, họp cùng Lê Thượng và Nguyễn Tần do Nguyễn Ánh sai về do thám, cùng chiếm lại Long Xuyên. Thái bảo Tây Sơn Phạm Văn Tham đem quân từ Sài Gòn ra đánh. Lê Thượng và Nguyễn Tần tử trận. Dương Công Trừng bị bắt lần thứ hai, không chịu hàng, bị Phạm Văn Tham giết. Tháng 3/1786 (tháng 2/Bính Ngọ) Diến Điện đánh Xiêm La. Vua Xiêm hỏi kế hoạch. Nguyễn Ánh thân chinh trợ chiến, sai Lê Văn Quân, Nguyễn Văn Thành đi trước, đánh bằng ống phun lửa. Địch quân thua to phải rút về. Vua Xiêm đề nghị giúp Nguyễn Ánh thu phục Gia Định, Nguyễn Văn Thành gạt đi, Ánh khen phải. Tháng 4/1786 (tháng 3 ÂL) Nguyễn Ánh sai Hoàng Tiến Cảnh, Nguyễn Văn Nhàn, Võ Di Nguy, Nguyễn Văn Định, Trương Phước Luật, đem quân ra núi Giang Khảm đóng một chục chiến thuyền. Quân Chà Và (Mã Lai) đánh Xiêm, Nguyễn Ánh sai Lê Văn Quân đem thuỷ binh dẹp tan.
Nguyễn Huệ diệt họ Trịnh ở BắcỞ Bắc, ngày 19/10/1782 (13/9/Nhâm Dần) Trịnh Sâm mất[23], lập con thứ là Trịnh Cán, 5 tuổi, con Đặng Thị Huệ lên ngôi, có Hoàng Tố Lý (tức Huy quận công Hoàng Đình Bảo) làm phụ chính. Ngày 28/11/1782 (24/10 Nhâm Dần)[24] quân Tam phủ (lính Thanh-Nghệ tức kiêu binh) đảo chính, theo âm mưu của Trịnh Khải (tức Trịnh Tông), con trưởng Trịnh Sâm. Tam phủ giết Tố Lý, bỏ Trịnh Cán, lập Trịnh Khải. Nguyễn Hữu Chỉnh, thuộc tướng của Tố Lý ở Nghệ An, tháng 12/1782 (tháng 11 ÂL) vượt biển vào Quảng Nam theo Nguyễn Nhạc, được Nhạc tin dùng, phong chức đô đốc. Quân Tam phủ cậy công làm loạn ở đất Bắc. Nguyễn Hữu Chỉnh xui Nguyễn Nhạc nên nhân cơ hội chiếm Phú Xuân. Ngày 25/5/1786 (28/4 Bính Ngọ)[25], Nguyễn Nhạc sai Nguyễn Huệ thống lĩnh thuỷ bộ tiến đánh Phú Xuân: Nguyễn Hữu Chỉnh giữ chức Tả quân đô đốc; Vũ Văn Nhậm (con rể Nguyễn Nhạc), Hữu quân đô đốc; Nguyễn Lữ điều khiển thuỷ binh. Quân Trịnh thua to. Ngày 31/5/1786 (4/5/Bính Ngọ) chiếm được Phú Xuân, Huệ còn lưỡng lự, Chỉnh xui tiến quân ra Bắc[26]. Nguyễn Huệ để Nguyễn Lữ ở lại giữ Phú Xuân, đem quân ra Bắc. Viết thư báo tin cho Nguyễn Nhạc. Nhạc không bằng lòng, gửi người chận lại, nhưng tới nơi, Huệ đã vượt biển đi rồi. Tháng 7/1786 (tháng 6 ÂL) Nguyễn Huệ tiến đánh Thăng Long. Đinh Tích Nhưỡng đại bại ở Lỗ Giang (Sơn Nam). Hoàng Phùng Cơ thua lớn ở sông Thúy Ái, sáu người con tử trận. Nguyễn Huệ tiến thẳng đến bến Tây Long, Trịnh Khải đích thân ra trận. Tây Sơn đốt ống phun lửa xông vào, quân Trịnh tan vỡ. Ngày 21/7/1786 (26/6 Bính Ngọ) Nguyễn Huệ vào thành Thăng Long[27]. Trịnh Khải bỏ chạy lên Sơn Tây thì bị bắt, lấy dao cắt cổ tự vận, ngày 22/7/1786 (27/6 /Bính Ngọ)[28]. Nguyễn Huệ được vua Lê Hiển Tông gả Ngọc Hân công chúa cho. Ngày 3/8/1786 (10/7/Bính Ngọ) Nguyễn Huệ đưa đồ sính lễ, gồm: Hai trăm lạng vàng, hai nghìn lạng bạc, hai chục tấm đoạn. Ngày 4/8/1786 (11/7/Bính Ngọ) làm lễ rước dâu. Ngày 10/8/1786 (17/7/Bính Ngọ) Lê Hiển Tông mất[29]. Lê Duy Kỳ lên ngôi, hiệu là Chiêu Thống. Nguyễn Nhạc hay tin Nguyễn Huệ diệt xong Trịnh, sợ em cậy công kiêu ngạo, không kiểm soát được, tức tốc ngày đêm ra Thăng Long. Ở lại 10 ngày. Hai anh em cùng rút quân về Nam. Bỏ Nguyễn Hữu Chỉnh ở lại. Chỉnh sợ, chạy theo đến Nghệ An. Huệ cho ở lại giữ Nghệ An cùng với Nguyễn Văn Duệ. Về Quy Nhơn, Nguyễn Nhạc lên ngôi Trung Ương Hoàng Đế, phong Nguyễn Lữ làm Đông Định Vương trấn đất Gia Định, Nguyễn Huệ làm Bắc Bình Vương, trấn đất Thuận Hoá.
II- Nguyễn Ánh trở về Gia ĐịnhAnh em Tây Sơn bất hoàKhi Nguyễn Huệ diệt họ Trịnh ở Bắc, có lời đồn đại, chiếm được nhiều của cải ở Thăng Long nhưng không chia cho anh. Mùa đông 1786, anh em Tây Sơn bất hoà. Nguyễn Huệ đem quân vào đánh Quy Nhơn, Nguyễn Nhạc gọi đô đốc Đặng Văn Trấn ở Gia Định ra cứu. Đặng Văn Trấn để Trần Tú ở lại giữ Gia Định, đem quân về đến Tiên Châu (Phú Yên) thì bị quân Nguyễn Huệ bắt được. Nguyễn Huệ vây Quy Nhơn, Nhạc phải lên thành kêu khóc, Huệ mới rút quân về. Tháng 2-3/1787 (tháng 1 Đinh Mùi), Bồ Đào Nha sẵn sàng giúp Nguyễn Ánh quân đội và 56 thuyền chiến đậu sẵn ở thành Goa (Ấn độ); nhưng vua Xiêm không thuận, Ánh phải từ chối. Tháng 3-4/1787 (tháng 2 ÂL), Tống Phước Đạm, Nguyễn Đô, Tống Phước Ngọc, Nguyễn Văn Thiệm sang Xiêm, Đạm báo tin anh em Tây Sơn bất hoà, Gia Định đơn yếu, có thể đánh được và trình bầy sách lược tấn công. Ánh thuận theo, sửa soạn kế hoạch trở về. Nguyễn Nhạc sai Nguyễn Lữ giữ Gia Định cùng với Thái bảo Phạm Văn Tham. Ngày 13/8/1787 (1/7 Đinh Mùi) Nguyễn Ánh viết thư tạ từ vua Xiêm, đang đêm xuống thuyền đem cung quyến về nước, trú ở Hòn Tre, để cung quyến ở Phú Quốc, sai Võ Di Nguy và Phạm Văn Nhơn bảo vệ. Nguyễn Ánh về đến Long Xuyên, Nguyễn Văn Trương, Chưởng cơ Tây Sơn, đem 300 quân tinh nhuệ và 15 chiến thuyền theo, Ánh trao cho Trương chức Khâm sai Chưởng Cơ, quản đạo Tiên phong Thuỷ dinh Trung quân. Nguyễn Văn Trương chiếm được đồn Trà Ôn [Vĩnh Long]. Nguyễn Văn Nghiã đem quân sở bộ đến giúp, cũng được trao chức Chưởng cơ. Tháng 10-11/1787 (tháng 9 ÂL) Nguyễn Ánh đến cửa Cần Giờ, nhiều đạo quân theo giúp. Nguyễn Lữ, lui quân về Lạng Phụ [Biên Hoà], đắp luỹ đất để giữ. Phạm Văn Tham giữ vững Sài Gòn, quân Nguyễn không thể hạ được. Tống Phước Đạm bèn giả thư của Nguyễn Nhạc gửi Nguyễn Lữ sai giết Phạm Văn Tham vì tội làm phản, rồi bỏ thư vào nhà Tham. Tham sợ quá, kéo cờ trắng, đem quân đến Lạng Phụ để trần tình. Lữ nhìn thấy cờ trắng tưởng Tham đã ra hàng, vội chạy về Quy Nhơn rồi chết. Phạm Văn Tham ở lại chống đỡ. Tướng Tây Sơn Nguyễn Kế Nhuận đem 10 chiến thuyền đến hàng, Ánh phong cho làm Hữu quân Khâm sai bình Tây đô đốc. Lê Văn Quân thắng Tây Sơn ở Ba Lai [Định Tường] tiến đóng Mỹ Tho. Phạm Văn Tham tiến đánh Mỹ Tho, Nguyễn Đăng Vân (hàng tướng Tây Sơn) bị bắt, bị giết. Quân Nguyễn thắng nhiều trận, nhưng Phạm Văn Tham vẫn kiên trì chống giữ.
Nguyễn Huệ ra Bắc lần thứ haiỞ Bắc, Trịnh Lệ[30], em ruột Trịnh Sâm, trước đã mưu cướp ngôi anh, nay thấy Nguyễn Huệ đã trở về Phú Xuân, bèn nổi lên tranh quyền với Trịnh Bồng[31], vua Lê Chiêu Thống bất đắc dĩ phải phong cho Trịnh Bồng làm Án Đô Vương, dựng lại phủ chúa như cũ. Họ Trịnh trở lại chuyên quyền, Lê Chiêu Thống phải gọi Nguyễn Hữu Chỉnh ở Nghệ An ra giúp. Chỉnh kéo quân ra, Trịnh Bồng thua chạy. Bỏ đi tu. Nguyễn Hữu Chỉnh được phong chức Đại Tư Đồ. Dẹp xong họ Trịnh, Chỉnh mưu giữ từ sông Gianh trở ra, như thời chúa Trịnh thủa trước. Nguyễn Huệ gọi về, không về. Huệ bèn sai Vũ Văn Nhậm ra Bắc diệt Nguyễn Hữu Chỉnh. Lê Chiêu Thống sợ quá, bỏ kinh thành, chạy theo Chỉnh lên đóng ở Mục Sơn (Yên Thế). Chỉnh thua trận, bị bắt về Thăng Long hành tội. Giết Chỉnh rồi, Nhậm tìm vua Chiêu Thống không được, bèn tôn Lê Duy Cẩn làm Giám quốc. Tháng 4-5/1788 (tháng 3/Mậu Thân) lại nghe tin Vũ Văn Nhậm chuyên quyền ở Bắc, Nguyễn Huệ tức tốc ra Thăng Long, bắt giết đi. Chiêu Thống chạy trốn ở vùng Sơn Nam, Kinh Bắc, Chí Linh. Nguyễn Huệ để Ngô Văn Sở và Phan Văn Lân ở lại giữ Thăng Long, rồi về Phú Xuân. Tại Pháp, ngày 28/11/1787, Bá Đa Lộc ký với De Montmorin hiệp ước cầu viện ở Versailles.
Nguyễn Ánh chiếm lại Gia ĐịnhTháng 5/1788 (tháng 4 ÂL) Võ Tánh đem quân về giúp Nguyễn Ánh. Võ Tánh người Bình Dương, anh là Võ Nhàn, thuộc tướng của Đỗ Thanh Nhơn. Khi Nhơn bị giết, Võ Nhàn họp quân Đông Sơn chống lại, bị bắt và bị giết. Võ Tánh tụ đảng ở Gò Công hơn vạn người, phục kích đánh Tây Sơn. Võ Tánh, Châu Văn Tiếp và Đỗ Thanh Nhơn được Tây Sơn coi là ba anh hùng. Nguyễn Ánh phong cho Võ Tánh làm Khâm sai Tổng nhung Chưởng cơ dinh Tiên phong và gả công chúa thứ hai của Hưng tổ là Ngọc Du (chị hay em của Nguyễn Ánh) cho. Cục diện quân sự của Nguyễn Ánh, từ khi có Nguyễn Văn Trương (Tây Sơn) và Võ Tánh về giúp, thay đổi hẳn. Tháng 6/1788 (tháng 5 ÂL) sửa đắp đồn luỹ, Ánh cùng làm với tướng sĩ[32]. Tháng 7/1788 (tháng 6 ÂL) Ánh cho Mạc Tử Sinh (con Mạc Thiên Tứ) làm Lưu thủ [trấn thủ] Hà Tiên. Phái Nguyễn Văn Nhơn làm Khâm sai Cai cơ vệ Thần Sách (Công binh và Pháo binh) dinh Trung quân. Tháng 8/1788 (tháng 7 ÂL) Nguyễn Ánh cử đại binh đánh Gia Định. Ngày 7/9/1788 (8/8/Mậu Thân), quân Nguyễn chiếm lại thành Gia Định. Phạm Văn Tham dàn rào chống cự từ chợ Điều Khiển đến chợ Khung Dung. Võ Tánh đem quân đi vòng phiá nam Đồng Tập Trận (ở ngoại thành Sài Gòn) đánh thẳng vào Bến Nghé, chặn nẻo sau. Quân Phạm Văn Tham tan vỡ. Phạm Văn Tham lui giữ Hàm Luông [Vĩnh Long] rồi Ba Xắc [Ba Thắc, An Giang]. Nguyễn Ánh sai người đến dụ hàng. Tham không hàng, đắp thành đất ở hai bên bờ sông Ba Xắc, bày chiến thuyền chống giữ. Nguyễn Ánh vào thành Sài Gòn, để Tôn Thất Hội chỉ huy trận địa. Tháng 10/1788 (tháng 9 ÂL) đón cung quyến từ Phú Quốc về. Chấm dứt giai đoạn lưu vong. Bình định miền Nam. Nguyễn Văn Thành được bổ làm Tổng nhung dinh Trung quân. Sai Trịnh Tân Tài và Chu Văn Quan đi Hạ Châu (Singapor) mua súng đạn, lưu hoàng và diêm tiêu. Sai Nguyễn Thái Nguyên phụ trách bộ Lại; Phan Thiên Trúc và Nguyễn Bảo Trí, bộ Hộ; Tống Phước Đạm, bộ Binh; Ngô Hữu Hựu, bộ Hình. Tuy chưa có bộ Lễ và bộ Công, nhưng Nguyễn Ánh đã lập vệ Thần Sách, tức là Công binh và pháo binh, do Nguyễn Văn Nhơn điều khiển. Sai Phan Như Đăng, Trần Đại Luật, Lê Quang Định, Trịnh Hoài Đức, Ngô Tòng Châu, và Hoàng Minh Khánh, làm Hàn Lâm Viện chế cáo (viện báo trình, luật, tắc). Lê Xuân Minh, Lê Phúc Mão, Hồ Phúc Uẩn, Vũ Công Chấn, Hồ Văn Định và Hoàng Văn Đệ, lập Hàn Lâm Viện. Khai khẩn đất hoang. Sửa sang luật pháp. Thành lập một triều đình vững chắc. Tháng 11/1788 (tháng 10 ÂL) ra lệnh cấm đánh bạc. Tổ chức lại quân đội. Bắt đầu đặt phủ binh. Lập sổ đinh. Lấy một nửa tráng đinh làm phủ binh, kết thành đội, thập (10), ngũ (5). Theo chính sách "không việc thì đi cày ruộng, có việc thì làm binh" của nhà Đường[33]. Tháng 11/1788 Võ Di Nguy được thăng chức quản Nội thuỷ thuỷ Trung thuyền.
Vua Quang Trung đại phá quân ThanhLê Chiêu Thống, lúc đó đang ẩn ở nhà tham tri Phạm Đình Dư, phủ Từ Sơn, Kinh Bắc, cùng với một số quần thần, theo lời Lê Duy Đản, soạn một bức thư gửi Tổng đốc Lưỡng Quảng Tôn Sĩ Nghị, xin cầu viện, rồi sai Lê Duy Đản, Trần Danh Án làm chánh phó sứ, mang sang. Lá thư cầu viện tới nơi tháng 10/1788 (tháng 9 Mậu Thân)[34]. Tôn Sĩ Nghị tâu vua Càn Long: "An Nam là đất cũ của Trung Quốc, nếu sau khi lấy lại được nước cho con cháu họ Lê, rồi thì nhân thế đem quân đến đóng thủ, thế là làm được cho nhà Lê, mà còn được nước An Nam, cùng là hai bên được cả."[35] Càn Long bèn sai Tôn Sĩ Nghị thống lĩnh 20.0000 quân thuộc bốn lộ Quảng Đông, Quảng Tây, Vân Nam, Quý Châu, chia làm 2 đạo tiến đánh Thăng Long: một đạo do Sĩ Nghị chính thân đốc suất, theo đường Lạng Sơn đánh xuống, một đạo do tổng binh Quý Châu đốc suất theo đường Tuyên Quang đánh xuống[36]. Sĩ Nghị truyền 8 điều quy luật cho quân sĩ, trong đó có điều 5, đáng chú ý: "Quân Nam không có "sở trường" gì khác. Họ chỉ dùng "ống phun" làm thứ lợi khí, gọi là "Hổ lửa". Trong khi hai bên giáp nhau, trước hết họ dùng vật ấy đốt cháy quần áo người ta, để cho người ta phải lui. Nhưng cái thuật ấy, so với súng ống của ta còn kém xa lắm. Hiện ta đã chứa sẵn vài trăm "lá chắn" bằng da trâu sống, nếu gặp ống phun của người Nam phun lửa, quân ta một tay chắn đỡ lửa, một tay cầm gươm chém bừa; họ sẽ phải lướt ngã"[37]. Quân Tôn Sĩ Nghị đến Lạng Sơn, quân giữ Lạng Sơn bỏ chạy quá nửa. Ngô Văn Sở, Phan Văn Lân lui về giữ Tam Điệp, cấp báo Nguyễn Huệ. Liệt Truyện viết: "Nghị đã đến Kinh Bắc, Chiêu Thống đế ra đi đến thẳng bến sông Nhị Hà, quân của Nghị đóng ở trên bãi cát bên bờ nam, làm cầu phao để tiện đường đi lại. Ngày hôm sau, tuyên phong Chiêu Thống đế làm An Nam Quốc Vương. Khi ấy là năm Mậu Thân ngày 21 tháng 11 [tức ngày 18/12/1788]". Các quan nhà Lê xin Nghị ra quân, Nghị nói rằng: "Năm đã gần hết, việc gì phải vội vàng, không kíp đánh vội, giặc còn gầy, ta nên nuôi cho nó béo, để nó tự dẫn xác đến để làm thịt (...) Huệ được tin báo, cả mừng rằng: con chó Ngô là hạng gì, lại dám ngông cuồng như vậy? Tức thì hạ lệnh cử binh. Các tướng đều xin chính vị hiệu đế trước để ràng buộc lòng người. Huệ bèn đắp đàn ở bên nam núi Ngự Bình, lấy ngày 25 tháng 11 [tức ngày 22/12/1788] tự lập lên ngôi Hoàng Đế, đổi năm đầu là Quang Trung (1788). Ngay ngày hôm ấy, đem cả tướng sĩ, quân thuỷ quân bộ đều tiến đi. Ngày 29 [26/12/1788] đến Nghệ An, đóng quân ở lại hơn 10 ngày, chọn thêm dân Nghệ An, cứ ba đinh lấy một, chia thân binh Thuận, Quảng làm 4 doanh Tiền, Hậu, Tả, Hữu, mà tân binh ở Nghệ An là Trung quân. Quân đắc thắng có hơn 10 vạn người, voi chiến vài trăm thớt, duyệt đại binh ở trấn doanh. Huệ thân cưỡi voi ra ngoài doanh để uỷ lạo quân lính, bèn hạ lệnh tiến quân đi. Đến ngày 20 tháng 12 [20/1/1789] đến núi Tam Điệp"[38]. Quang Trung chia quân làm 5 đạo: Đại tư mã Ngô Văn Sở và Nội hầu Lê Văn Lân đốc xuất Tiền quân đi tiên phong. Hàm Hổ Hầu (Liệt Truyện ghi Hố Hổ Hầu) chỉ huy Hậu quân. Đại đô đốc Lộc và Đô đốc Tuyết điều động Tả quân và đạo Thủy sư, vượt bể vào sông Lục Đầu: Tuyết kiểm soát vùng Hải Dương, tiếp ứng mặt đông; Lộc phải đi gấp lên Lạng Sơn, Phượng Nhãn, Yên Thế để chặn đường về của quân Thanh. Thái sư Bảo (LT ghi là Đại đô đốc) và Đô đốc Long (LT ghi là Mưu) chỉ huy Hữu quân và đội Tượng Mã (voi, ngựa) xuyên ra Chương Đức, vòng lên làng Nhân Mục (huyện Thanh Trì) đánh ngang vào đồn Điền Châu. Bảo lại thống quản voi ngựa theo đường Sơn Minh, ra làng Đại Áng (huyện Thanh Trì), tiếp ứng cánh hữu[39]. Đêm trừ tịch [26/1/1789] quân Quang Trung sang sông Giản, trấn thủ Sơn Nam của nhà Lê là Hoàng Thuỷ Nghiã, thua chạy; Quang Trung tiến đến sông Thanh Quyết, quân Thanh chống giữ ở đấy cũng chạy nốt. Quang Trung thúc quân đuổi theo tới huyện Phú Xuyên, bắt sống được hết, vì thế quân Thanh đóng ở các đồn Hạ Hồi và Ngọc Hồi đều không hay biết gì cả[40]. Liệt Truyện viết: "Từ cửa ô thành Thăng Long đến xã Hạ Hồi, huyện Thượng Phúc, quân Thanh đóng liền các đồn, đặt súng lớn lên, ngoài đồn ngầm đặt chấn địa lôi, phòng bị rất vững. Năm Kỷ Dậu, mùa xuân, nửa đêm ngày mồng ba tháng giêng [28/1/1789] quân của Huệ đến Hà Nội, mật vây lấy đồn, lấy ống loa truyền gọi, những kẻ ứng lời, đối nhau dạ, gần đến vạn người. Trong đồn run sợ, không phải đánh, tự tan vỡ, lấy hết được lương thực và khí giới"[41]. Ngô Thì Chí viết: "Vua Quang Trung truyền lấy sáu chục tấm ván, ghép liền ba tấm làm một bức, tất cả là hai chục bức, dùng rơm xấp nước bện vào, rồi kén hạng lính khoẻ tợn, giao cho mười người phải khiêng một bức, mỗi người đều vác một thanh đoản đao, mỗi bức lại cho hai chục người nữa cầm binh khí đi theo. Toán quân này dàn hàng chữ "nhất" tiến thẳng lên trước, vua Quang Trung cưỡi voi đi đốc thúc, từ mờ sáng ngày mồng năm xông thẳng vào đồn Ngọc Hồi. Quân Thanh trong đồn chiã súng ra bắn, chẳng trúng một người nào hết. Nhân có gió bấc nổi, chúng bèn đóng nhiều hoả đồng bắn tên lửa ra. Lửa cháy khói bốc mù mịt, cách nhau gang tấc không trông thấy gì. Bản ý quân Thanh muốn làm cho quân Nam rối loạn, chẳng ngờ chỉ trong giây lát, trời bỗng quay sang gió Nam, ngọn lửa tạt lại, thành ra quân Thanh lại tự đốt mình"[42]. Liệt Truyện viết: "Khi đã phá được cửa lũy, đều ném ván gỗ xuống đất; đem dao ngắn chém bừa đi, quân nước Thanh chống chọi không được, tan vỡ chạy ra bốn mặt, gặp máy chôn ngầm, lại bị chấn địa lôi nổ ra, chết và bị thương rất nhiều. Quân Tây Sơn đánh trống reo hò tiến đi, liền phá được các đồn Văn Điển, Yên Quyết, Đô đốc nước Thanh là Hứa Thế Hanh, Tổng binh là Trương Triều Long, Thượng Duy Thăng, Tri phủ Điền Châu là Sầm Nghi Đống đều chết cả. Nghị ở bãi cát, nghe tin báo, một mình cưỡi ngựa chạy về Bắc, tướng sĩ tranh cầu để sang sông, cầu gẫy, ôm lấy nhau xô nhau lăn xuống sông chết đuối kể đến hàng vạn, nước sông Nhị Hà vì thế chảy không được. Ngày hôm ấy Huệ dong quân vào thành, áo chiến của Huệ mặc đều bị hơi thuốc súng làm cho biến thành sắc đen sạm. Chiêu Thống đế cũng vội vàng sang sông, theo Sĩ Nghị lên phiá Bắc, từ đấy nhà Lê mất. Huệ bèn có cả đất nước An Nam... Người nước Thanh cả sợ, từ cửa quan trở về mạn bắc, người già, trẻ con bồng bế nhau chạy, vài trăm dặm, tuyệt không có người ở."[43] Quang Trung sai con là Quang Thùy và Võ Văn Dũng giữ Bắc Thành. Quang Bàn giữ Thanh Hoá. Nguyễn Văn Duệ giữ Nghệ An, rồi trở về Thuận Hoá. Quang Trung xây kinh đô ở Nghệ An, đặt tên là Phượng Hoàng Trung Đô, đắp thành luỹ, đặt kho tàng, dùng trọng binh coi giữ.
Tóm tắt việc Bá Đa Lộc cầu viện PhápTrong khi vua Quang Trung đại phá quân Thanh, thì Bá Đa Lộc cũng đang sửa soạn đem Hoàng tử Cảnh từ Pondichéry trở lại Việt Nam. Nhưng việc Bá Đa Lộc cầu viện bắt đầu từ trước, có thể tóm tắc như sau: Tháng 8/1783 (7/Quý Mão), Nguyễn Ánh đang bị Nguyễn Huệ truy nã gắt gao, ở trong tình trạng cực kỳ quẫn bách, nghe tin Bá Đa Lộc ở Chân Bôn (Chantabun, Xiêm), Nguyễn Ánh bèn sai người đến mời, trao Hoàng tử Cảnh, 3 tuổi cho Bá Đa Lộc sang Pháp cầu viện[44]. Thực Lục viết như thế nhưng có lẽ lúc này Ánh chỉ mong cho con thoát nạn, chưa nghĩ đến việc cầu viện. Giám mục Bá còn ở lại trong vùng suốt năm 1774. Đến khi Nguyễn Huệ đại phá quân Xiêm tháng 1-2/1785, Nguyễn Ánh thua to, bầy tôi chỉ còn lại 10 người, lúc đó ông mới khẩn cấp giục Phạm Văn Nhơn, Nguyễn Văn Liêm và Bá Đa Lộc đem Hoàng tử Cảnh (5 tuổi) sang Tây. Cuối tháng 2/1785, Bá Đa Lộc và Hoàng tử Cảnh tới Pondichéry (Ấn Độ), chần chừ, toan tính không biết có nên về Pháp. Cho nên hơn một năm sau, tháng 7/1786, Bá Đa Lộc mới đưa Hoàng tử Cảnh (6 tuổi) đi Pháp. Phạm Văn Nhơn, Nguyễn Văn Liêm, Hồ Văn Nghị, vì một lý do nào đó, không đi theo, trở về Vọng Các. Tại Pháp, ngày 28/11/1787, Bá Đa Lộc ký với de Montmorin, Bộ trưởng Ngoại giao, hiệp ước cầu viện Versailles. Ngay sau khi hiệp định ký kết, Louis XVI đổi ý, ra lệnh riêng cho de Conway, toàn quyền Pháp ở Pondichéry: nếu thắng dễ dàng mới đánh, còn không, bỏ. Ngày 18/5/1788, Bá Đa Lộc và Hoàng tử Cảnh từ Pháp về tới Pondichéry. Gặp sự chống đối quyết liệt của Conway, không muốn xuất quân. Sau một năm dằng co căng thẳng giữa de Conway và Bá Đa Lộc ở Pondichéry, tháng 7/1789, Bá Đa Lộc trở về Gia Định, tay không, với Hoàng tử Cảnh, 9 tuổi. Nguyễn Vương sai Tôn Thất Hội đem binh thuyền ra cửa Cần Giờ đón, lúc đó Vương đã chiếm lại được phần lớn miền Nam. Trong suốt thời gian gửi con cho Bá Đa Lộc, Vương đã viết nhiều thư gửi Hội thừa sai Macao hỏi tin con, nhưng hầu như không nhận được tin tức gì cả. Ở Pháp, ngày 14/7/1789, quân cách mạng phá ngục Bastille. Phe bảo hoàng trong đó có Hội thừa sai, phải chạy sang Anh.
Nguyễn Ánh bình định miền NamCuối năm 1788, Nguyễn Ánh đã chiếm được Sài Gòn và phần lớn đất Gia Định nhưng Phạm Văn Tham vẫn còn cầm cự ở Vĩnh Long và An Giang. Vương sai Lê Văn Quân, Tôn Thất Hội, Võ Tánh, Nguyễn Văn Trương họp nhau đánh Phạm Văn Tham ở Hổ Châu [An Giang]. Phạm Văn Tham rút về Ba Xắc [Ba Thắc, An Giang], thế cùng phải ra hàng, toàn bộ miền Nam về tay Nguyễn Ánh. Tháng 4/1789 (tháng 3 ÂL) xây hai thành Cá Giốc [Giốc Ngư] và Vàm Cỏ [Thảo Câu] là hai nơi xung yếu, cổ họng của Sài Gòn; sai Nguyễn Văn Thành trấn giữ. Vương rất chú trọng đến Vệ Thần Sách (Công binh và Pháo binh): sai Tôn Thất Huyên cai quản các đội ban trực tiền vệ Thần sách dinh Trung quân; Tôn Thất Chương ban Trực hậu, Phạm Văn Nhơn ban Trực tả, Tô Văn Đoài ban Trực hữu. Tháng 7/1789 (tháng 5 nhuận) Vương bàn định đánh Tây Sơn. Nhưng nghe tin Quang Trung ở Thuận Hoá đã đóng nhiều chiến hạm, định đánh vào Nam, lại thôi. Bắt đầu đặt chức quan Điền tuấn (trông coi nông nghiệp), dùng 12 người trong Hàn Lâm Viện chế cáo (Trịnh Hoài Đức, Lê Quang Định...) coi việc mở mang canh nông, khai phá đất hoang cho bốn dinh: Phiên Trấn (Gia Định), Trấn Biên (Biên Hoà), Vĩnh Trấn (Vĩnh Long), Trấn Định (Định Tường), khuyến khích dân trồng trọt, ai không thích nghề nông thì vào phủ binh. Lập trường võ bị, chọn những người có khả năng chiến đấu trong quân ngũ, cho luyện tập trở thành quân tinh nhuệ. Tháng 8-9/1789 (tháng 7 ÂL) hàng tướng Phạm Văn Tham bị kết tội liên lạc với Quang Trung để khôi phục lại miền Nam, bị giết. Tháng 9-10/1789 (tháng 8 ÂL) sai đóng hơn 40 chiến thuyền lớn, hơn 100 thuyền đi biển. Cải tổ nội các: Lập thêm bộ Lễ, Nguyễn Thái Nguyên đứng đầu, Nguyễn Bảo Trí, bộ Lại, Nguyễn Đô, bộ Hộ. Tháng 11-12/1789 (tháng 10 ÂL) đại duyệt binh tướng sĩ các dinh ở Đồng Tập Trận (ngoại ô Sài Gòn). Chỉ định các tướng lãnh chỉ huy các đạo, các dinh, các chi... trong toàn bộ quân đội. Sai dinh Trấn Biên mua đường cát, mỗi năm 10 vạn cân, có sẵn, để đổi cho người Tây Dương lấy đồ binh khí. Cải tổ binh thuyền. Ngày 22/4/1790 (ngày Kỷ sửu, 9/3 Canh Tuất) đắp thành đất Gia Định, Tôn Thất Hội trách nhiệm cùng với Trần Văn Học[45]. Tháng 5-6/1790 (tháng 4 ÂL) Lê Văn Quân chủ trì bàn việc xuất quân, Nguyễn Văn Thành can không được. Nguyễn Vương sai Lê Văn Quân làm tư lệnh, Võ Tánh và Nguyễn Văn Thành, tiên phong, chiếm được Bình Thuận. Lê Văn Quân tiến đánh Diên Khánh, thua to, phải lui về giữ thành Hưng Phúc. Vương quay về Gia Định. Tháng 6/1790, một số lính Pháp theo giúp, được nhận chức Cai đội. Hai năm sau nhiều người bỏ đi. Chaigneau và Vannier ở lại đến đầu đời Minh Mạng. Tháng 11/1790 (tháng 10 ÂL) bắt đầu lập đồn điền, cấp trâu bò, điền khí và hạt giống cho dân khai phá đất hoang. Đặt thái y viện. Dựng kho hoả dược. Tháng 12/1790 (tháng 11 ÂL) sai Cai cơ Võ Di Nguy coi đóng một chiến thuyền lớn và 15 thuyền đi biển. Tháng 1/1791 (tháng 12/ Canh Tuất) sửa đắp thành đất Gia Định. Sai Trần Vũ Khách đi Giang Lưu Ba (Jakarta, thủ đô Indonesia) tìm mua đồ binh khí. Lập xưởng thuỷ sư, từ bờ sông Tân Bình (sông Sài Gòn) đến bờ sông Bình Trị (sông Thị Nghè), trên ba dặm, thuyền đi biển, thuyền chiến (hình thức như thuyền buôn, không mui mà nhỏ) thuyền ô (sơn đen nên gọi là ô thuyền), thuyền son (sơn đỏ gọi là chu thuyền), thuyền lê (đầu đuôi thuyền đều chạm vẽ gọi là lê thuyền), đều đậu ở đó. Tháng 2/1791 (tháng 1 Tân Hợi) định lệ hàng năm duyệt binh. Lê Văn Quân từ khi thua trận, cáo bệnh, vua vời không đến, bị đình thần kết án. Tự vận.
Chuẩn bị chiến tranhTháng 3/1791 (tháng 2 ÂL) nhân dịp người Bồ tên là Chu Di Nô Nhi đến buôn bán, Nguyễn Ánh gửi thư cho quốc vương Bồ mua binh khí (1 vạn cây súng chim, 2.000 cỗ súng gang, mỗi cỗ nặng 100 cân, 2.000 viên đạn). Gián điệp Nam Bắc qua lại luôn, nên tin tức Tây Sơn, không việc gì là không biết. Ngày 25/5/1791 (23/4 Tân Hợi) hoàng tử Đởm (Minh Mạng) ra đời, con bà phi thứ hai Trần Thị là con gái tham tri bộ Lễ Trần Hưng Đạt. Đặng Đức Siêu, Nguyễn Văn Trương... sẽ là thầy dạy. Vương sai đóng hơn 100 chiếc chiến thuyền. Tháng 11/1791 (tháng 10 ÂL), lập đền Hiển Trung, thờ các công thần, theo vua từ Vọng Các. Năm Tân Hợi (1791, không rõ tháng) bí mật sai người cầu Đặng Đức Siêu, cựu thần chúa Nguyễn, không ra giúp Tây Sơn. Siêu lẻn vào Gia Định, hiến kế đánh Tây Sơn, trở thành quân sư, luôn luôn bên ở mình Nguyễn Ánh. Tất cả những chiến dịch sau này, phần lớn do Đặng Đức Siêu làm cố vấn. Tháng 2/1792 (tháng 1/Nhâm Tý) đóng năm hiệu thuyền Hoàng Long, Xích Nhạn, Thanh Tước, Bạch Yến và Huyền Hạc. Nguyễn Ánh bắt đầu sử dụng chiến thuật gió mùa: Hàng năm, khi gió nồm thổi, thuỷ quân thuận chiều gió ra đánh, hết gió quay về. Sai đắp thành Mỹ Tho, góc thành đắp như dáng hoa mai, chu vi 499 trượng. Tháng 4-5/1792 (tháng 3 ÂL) vua Xiêm viết thư muốn "liên kết" để đánh Quang Trung. Bởi vì Quang Trung đã đại phá quân Xiêm ở Vạn Tượng. Nguyễn Ánh hay tin Nguyễn Huệ đã sửa soạn hai, ba mươi vạn binh thủy bộ để đánh Gia Định: Bộ binh của Quang Trung sẽ qua đường Lào, đánh Nam Vang, tiến vào sau lưng Sài Gòn. Thuỷ binh qua ngả Côn Lôn, chiếm Hà Tiên, rồi theo đường Long Xuyên, Kiên Giang đánh mặt trước Sài Gòn. Tháng 5-6/1792 (tháng 4 ÂL), Nguyễn Ánh tổ chức phòng vệ. Tháng 6/1792, Quang Trung đem 30.000 đánh Lào rồi xuống Cao Miên, nhưng lại rút về[46]. Trong lúc tình hình sôi bỏng, những lính Pháp theo giúp từ 1790 chuẩn bị rút lui. Tháng 6/1792, phần lớn những người Pháp đều bỏ đi hoặc bị đuổi vì kỷ luật. Bá Đa Lộc cũng muốn xin về[47]. Tháng 6-7/1792 (tháng 5 ÂL), Nguyễn Huệ liên kết với 40 thuyền Tề Ngôi (giặc biển, người Tầu) tấn công miền Bình Khang, Bình Thuận. Tháng 7-8/1792 (tháng 6 ÂL) Cai đội Ôlivi (Olivier de Puymanel) được thăng chức Vệ Uý ban trực tuyển phong hậu vệ Thần sách.
Trận Thị Nại 1792Trong lúc tình hình căng thẳng, Nguyễn Ánh được gián điệp cấp báo Nguyễn Nhạc đóng nhiều thuyền chiến đậu ở cửa Thị Nại, sửa soạn chinh phạt Gia Định. Nguyễn Ánh bèn quyết định đánh trước: Lệnh cho tướng sĩ các dinh Tiên Phong và Chấn Võ chuẩn bị lương thực khí giới hành quân. Định ngày thử chiến hạm ở biển (thuyền đại hiệu và thuyền ô sai, 128 chiếc). Để Tôn Thất Huy, Võ Tánh và Tống Phước Đạm giữ Sài Gòn. Biết Thị Nại không phòng bị, Nguyễn Ánh, xuất quân từ cửa Cần Giờ, gặp gió nam thổi mạnh. Các tướng đi theo gồm có: Quản Tiên phong dinh Nguyễn Văn Thành, Trực tả Phạm Văn Nhơn, Giám quân Trung quân Nguyễn Văn Trương hộ giá, tiến thẳng tới Thị Nại. Vương sai quân tinh nhuệ phóng hoả đốt thuỷ trại của Tây Sơn. Nguyễn Nhạc đi săn vắng. Nguyễn Văn Trương và Nguyễn Văn Thành đi thuyền Long [Long Phi] và thuyền Phụng [Phượng Phi], đánh thẳng vào. Đô đốc Thành bỏ chạy. Quân Nguyễn chiếm được 5 thuyền lớn, 30 thuyền đi biển, 40 thuyền sai, ba chiếc thuyền của Tề Ngôi. Trận này chỉ có 10 ngày, chiến thắng lớn đầu tiên của Nguyễn Ánh, từ khi về Gia Định, khiến Quang Trung nổi giận. Ngày 27/8/1792, Quang Trung truyền hịch chỉ trích sự thua trận này, gửi cho quan, quân, dân hai vùng Quảng Ngãi và Quy Nhơn, ra lệnh sẽ san bằng Gia Định. Chưa kịp tiến quân, Quang Trung băng hà ngày 16/9/1792. Quang Toản, 9 tuổi[48] lên ngôi, hiệu Cảnh Thịnh. Cậu ruột là thái sư Bùi Đắc Tuyên làm phụ chính. Ở Pháp, vua Louis XVI và hoàng hậu Marie-Antoinette lên đoạn đầu đài. Nước Pháp rơi vào thời đại Kinh Hoàng (La Terreur). Số người bị giết ước lượng 100.000, trong đó có khoảng 17.000 bị lên máy chém.
Nguyễn Ánh đánh Quy Nhơn lần thứ nhất, 1793Sau khi Nguyễn Huệ mất, được tin triều đình Quang Toản và Nguyễn Nhạc nghi kỵ nhau, Nguyễn Ánh bèn quyết định đánh Quy Nhơn. Tháng 2-3/1793 (tháng 1/Quý Sửu) Nguyễn Ánh sai đóng thuyền đại hiệu (tầu lớn): Long ngự, Long thượng, Long hưng, Long Phi, Bằng phi, Phượng phi, Hồng phi, Loan phi, Ưng phi (Phượng Phi và Bằng Phi đã có từ năm 1785, chắc chỉ sửa lại). Tháng 3-4/1793 (tháng 2 ÂL) chỉ định Phạm Văn Nhơn làm phó tướng Tả quân kiêm Tri Tàu vụ. Tháng 4-5/1793 (tháng 3 ÂL) lập Hoàng tử Cảnh (13 tuổi) làm Đông cung. Dựng nhà Thái học. Đặt một đông cung phụ đạo [Bá Đa Lộc] và 2 đông cung thị giảng [Trịnh Hoài Đức và Lê Quang Định], 8 hàn lâm thị học, 6 quốc tử giám thị học. Tháng 5-6/1793 (tháng 4 ÂL) Vương đem đại binh đánh Quy Nhơn, để Đông cung giữ Gia Định cùng phó tướng Tả quân Phạm Văn Nhơn và Giám quân Trung dinh Tống Phước Đạm. Tôn Thất Hội thống lãnh bộ binh, Nguyễn Huỳnh Đức và Nguyễn Văn Thành trực thuộc, tiến đánh Phan Rí. Sai Nguyễn Văn Chấn, cai cơ trấn Thuận Thành và Nguyễn Văn Hào cùng Chưởng cơ đạo Ba Phủ là Cổ và Điều khiển Cường đem quân Man (người Thượng) theo đường bộ đánh Phan Rang. Nguyễn Ánh xuất quân ra cửa Cần Giờ. Nguyễn Văn Trương và Võ Di Nguy tiên phong, Võ Tánh hộ giá. Phan Thiên Phúc, bộ Hộ và tham tri Nguyễn Đức Chí trông thuyền lương. Tháng 6-7 (tháng 5 ÂL) Nguyễn Ánh đến Phan Rang, sai Nguyễn Kế Nhuận đánh bảo Mai Nương (bảo là thành đất, rất vững chắc, mà Tây Sơn có cách đắp rất nhanh), quân Tây Sơn bỏ chạy. Nguyễn Ánh đến Nha Trang, sai Vũ Văn Đắc và Nguyễn Văn Lượng đánh bảo Hoa Bông, Tây Sơn bỏ chạy, chiếm được phủ Diên Khánh. Nguyễn Ánh đóng ở vụng Hòn Khói. Võ Tánh chiếm phủ Bình Khang [Khánh Hoà]. Bộ binh của Tôn Thất Hội đánh bảo Phan Rí, chiếm được Bình Thuận. Thuyền Nguyễn Ánh đến cửa Xuân Đài, sai Võ Tánh đánh bảo La Thai [La Hai], Phạm Văn Điềm thua chạy. Võ Tánh chiếm được Phú Yên. Nguyễn Ánh tiến đến cửa Thị Nại, Võ Tánh chiếm các bảo ở chợ Thị Nại. Tháng 7-8 (tháng 6 ÂL) Võ Tánh thắng trận cầu Tân Hội, tiến đánh cánh đồng Bình Thịnh. Nguyễn Nhạc sai con là Nguyễn Bảo đem quân tinh nhuệ và voi đực ra tiếp chiến. Bộ binh Tôn Thất Hội cũng vừa tới. Nguyễn Bảo đặt liền đồn trại từ Thổ Sơn đến Úc Sơn để chống cự. Nguyễn Ánh dặn Tôn Thất Hội giả vờ tấn công từ gò Phú Quý, rồi đến đêm cùng Nguyễn Văn Thành lặng lẽ vượt Kỳ Sơn, hợp với Võ Tánh đánh sau lưng. Nguyễn Bảo không ngờ, quân và voi toán loạn. Nguyễn Ánh sai Vũ Văn Lượng đánh bảo Úc Sơn, phóng lửa đốt trại. Lê Văn Duyệt đem quân trên núi đánh xuống, quân Tây Sơn thua to. Nguyễn Bảo và Đào Văn Hổ phải lui quân về thành Quy Nhơn. Nguyễn Nhạc sai đô đốc Đẩu đem 4000 quân tinh nhuệ giữ bảo Khố Sơn, ở núi Càn Dương, phủ mới của Nguyễn Nhạc. Nguyễn Ánh thân đốc cấm binh đi đánh, nhưng không thể tiến được, bèn sai Nguyễn Đức Xuyên tới trước thành khuyến dụ, quân lính nghe theo không bắn nữa, nhờ Trần Công Hiến làm nội ứng, gây loạn trong thành, quân Nguyễn mới hạ được Khố Sơn. Nguyễn Ánh tập hợp các đạo quân của Tôn Thất Hội, Võ Tánh, Nguyễn Huỳnh Đức, Nguyễn Văn Thành vây thành Quy Nhơn, hạ lệnh dùng "hoả xa đại bác" (đại bác của người Tây có bánh xe di động), quân trong thành còn 10.000, Nguyễn Nhạc cố giữ, không thể hạ nổi. Tháng 9/1793 (tháng 8 ÂL), Nguyễn Nhạc cầu cứu Phú Xuân, triều đình Cảnh Thịnh (quyền hành trong tay Bùi Đắc Tuyên vì Quang Toản mới 10 tuổi) cử đại binh do Thái uý Nguyễn Văn Hưng, Hộ giá Nguyễn Văn Huấn, Đại tư lệ Lê Trung, Đại tư mã Ngô Văn Sở, đem 17.000 bộ binh, 80 thớt voi, cùng Đô đốc Hổ và Chưởng cơ Thiêm đem hơn 30 chiến thuyền, đến cứu viện. Nguyễn Ánh liệu không chống nổi, phải rút quân về Diên Khánh.
Nguyễn Ánh đắp thành Diên Khánh, vị trí điạ đầuTháng 10/1793 (tháng 9 ÂL), Thực Lục ghi: "Ngự giá về Diên Khánh. Thấy thành đất Hoa Bông địa thế tốt, đánh hay giữ đều tiện, bèn sai các quân và phát 3000 dân Bình Thuận, 1000 dân Thuận Thành khởi đắp trọn một tháng thì thành xong, gọi là Diên Khánh (tức tỉnh lỵ Khánh Hoà ngày nay). Thành cao 1 trượng, chu vi hơn 510 trượng, mở sáu cửa, đông và nam đều một cửa, tây và bắc đều hai cửa, trên cửa có lầu, bốn góc có cồn đất)"[49]. Hai người trực tiếp đắp thành được ghi tên trong Liệt Truyện là Tôn Thất Hội và Vũ Viết Bảo. Về Tôn Thất Hội, Liệt Truyện ghi: "[Tôn Thất] Hội cùng đạo binh họp lại bao vây [Quy Nhơn], giặc có quân cứu viện ở ngoài đến, bèn giải vây về đắp Diên Khánh."[50] Về Vũ Viết Bảo, Liệt Truyện ghi: "Mùa hạ năm Quý Sửu [1793, Vũ Viết Bảo] theo đi đánh Quy Nhơn, đến khi về, đắp thành Diên Khánh (...) Năm [Gia Long] thứ tư [Bảo] đem quân cùng với các quân sửa đắp kinh thành [Huế]"[51]. Diên Khánh sẽ là nơi xẩy ra những đợt xung phong khốc liệt khi Trần Quang Diệu vây đánh thành. Vị trí quan trọng và sự vững bền của thành Diên Khánh, sẽ được phía Pháp "nhận" công lao xây thành này là của Olivier de Puymanel. Tại Quy Nhơn, sau khi Nguyễn Ánh rút lui, các tướng Nguyễn Văn Hưng, Nguyễn Văn Huấn, bức bách Nguyễn Nhạc. Vua Thái Đức uất ức mà chết, vào khoảng tháng 9-10/1793[52]. Triều đình Cảnh Thịnh phong cho Nguyễn Bảo, con Nguyễn Nhạc, làm Hiếu công, ăn lộc một huyện, Nguyễn Bảo uất hận. Lê Trung và Nguyễn Văn Huấn được giao ở lại giữ thành Quy Nhơn. Tháng 11/1793 (tháng 10 ÂL) Nguyễn Ánh trở về Gia Định. Để Nguyễn Văn Thành giữ Diên Khánh. Đổi Vệ Thần Sách thành Quân Thần Sách, tức là mở lớn hơn. Tháng 12/1793, sai Cai đội Quàng Nói Vè, đội trưởng Pa Đơ Chê (đều người Tây) sang thành Cô Á [Goa, Ấn Độ] và xứ Mã La Kha [Malacca] để tìm mua đồ binh khí. Là người thích xây dựng, Nguyễn Ánh tự học, bên cạnh lại có những chuyên viên kiến trúc như Tôn Thất Hội, Trần Văn Học, Vũ Viết Bảo... những người đóng tầu giỏi như Đỗ Thanh Nhơn, Võ Di Nguy... nhất là từ năm 1793 (không rõ tháng), Nguyễn Ánh có thêm một chuyên gia mới, là Trần Văn Thái, cai bạ kiêm bộ Công của Tây Sơn về quy thuận. Trần Văn Thái là người giỏi việc đóng thuyền; mùa thu Bính Thìn (1796), ông cùng Võ Di Nguy, kiêm quản cả doanh ngũ thuỷ "phàm chỉ bảo cách thức đóng các thuyền đều do ở tay Thái cả". Trần Văn Thái giữ bộ Công, đến năm Gia Long thứ 8 (1809) đổi thành Công bộ Thượng thư, thống quản thuỷ quân đến lúc mất (1809)[53]. Tháng 12/1793, Nguyễn Ánh triệu Nguyễn Văn Thành về Gia Định. Theo lệ các chúa Nguyễn, Vương bắt con tập việc cai trị và giữ thành, nên sai Đông Cung Cảnh (13 tuổi) trấn Diên Khánh, vị trí địa đầu chống Tây Sơn. Vương sai các thày dạy Bá Đa Lộc, Trịnh Hoài Đức, Ngô Tòng Châu và các tướng: Phạm Văn Nhơn, Tống Phước Đạm, Mạc Văn Tô, Nguyễn Đức Thành hộ tống Đông cung, đến tháng 2/1794, Chưởng dinh hữu quân Nguyễn Huỳnh Đức cũng xin ở lại Diên Khánh. Nguyễn Ánh đóng thêm thuyền chiến và đúc thêm binh khí, lấy Cai đội Nguyễn Văn Khiêm làm phó Vệ uý vệ túc trực quân Thần Sách, sai đến Diên Khánh phò Đông Cung. Như vậy, hoàng tử Cảnh ở Diên Khánh với trọn bộ tổng tư lệnh quân đội và các thầy dạy học.
III- Sự đối đầu Nguyễn Ánh-Trần Quang Diệu
Trần Quang Diệu vây thành Diên KhánhThành Diên Khánh sẽ là nơi xẩy ra những trận chiến khốc liệt giữa hai bên. Tháng 4/1794 (tháng 3 ÂL) triều đình Cảnh Thịnh sai thái uý Nguyễn Văn Hưng và tổng quản Trần Quang Diệu đem quân thủy bộ vào Quy Nhơn. Được tin, Nguyễn Ánh ra lệnh cho Đông Cung phòng bị. Tháng 5/1794 (tháng 4 ÂL) Trần Quang Diệu đem thủy binh vào cửa biển Nha Trang, bộ binh của Nguyễn Văn Hưng cũng tiến đến Bình Khang, họp quân ba mặt vây thành Diên Khánh. Súng trong thành bắn ra như mưa, quân Tây Sơn bị thương rất nhiều nhưng thành kiên cố không thể tiến vào được. Nguyễn Ánh thân chinh cử thuỷ binh giải vây: Tôn Thất Hội tiên phong, Võ Tánh tập hậu, Võ Di Nguy, hộ giá. Trần Đức Khoan, Nguyễn Văn Mỹ và Nguyễn Kỳ Kế coi lương. Nghe tin đại binh Nguyễn Ánh đến, Trần Quang Diệu rút về Quy Nhơn, Nguyễn Văn Hưng lui về Phú Yên. Tháng 6/1794 (tháng 5 ÂL) quân Nguyễn chiếm lại được một số thành và đất: Tiêu Cơ, Mai Nương (Phan Rang), Phú Yên. Tháng 7/1794 (tháng 6 ÂL) Vương lại sai Vệ Uý Phan Văn Triệu, Ôlivi (Olivier de Puymanel), Trần Văn Tín, Lê Văn Duyệt, Cao Văn Lý... cùng bộ thuộc, đến tăng cường lực lượng Đông Cung ở Diên Khánh. Tuy vậy, Nguyễn Ánh thấy chưa thể đánh bại thủy binh Tây Sơn, bèn sai Tôn Thất Hội và Võ Tánh đem tất cả binh thuyền về đậu ở cửa Xuân Đài. Tháng 7-8/1794 (tháng 7 ÂL) Vương cũng rút quân về Diên Khánh, sửa sang đắp lại thành. Tháng 8-9/1794 (tháng 8 ÂL) cho Đông Cung trở về Gia Định. Tháng 9-10/1794 (tháng 9 ÂL) Vương cũng đem quân về Gia Định, để Võ Tánh ở lại giữ Diên Khánh. Quân Tây Sơn do Trần Quang Diệu thống lãnh, sẽ chống nhau với quân Nguyễn trong 7 năm nữa.
Trần Quang Diệu vây Diên Khánh lần thứ haiTháng 10-11/1794 (tháng 10 ÂL) Trần Quang Diệu và Lê Trung đem quân thuỷ bộ đánh Phú Yên. Nguyễn Long và Võ Văn Lượng lui về giữ Bình Khang. Võ Tánh nhận trấn giữ cả hai mặt. Tháng 11-12/1794 (tháng 11 ÂL) Vương ban thưởng cho Võ Tánh và quân sĩ, sửa đắp quách ở ngoài bốn mặt thành Gia Định. Giám quân Trung dinh Tống Phước Đạm mất, ông đã có công lớn giúp Đông Cung Cảnh giữ thành Diên Khánh năm 1793. Vương bắt đầu đặt chức Giám thành sứ (cai quản việc phòng giữ kinh thành). Tây Sơn tấn công Bình Khang. Nguyễn Ánh biết chủ ý là để đánh Diên Khánh, nên dặn Võ Tánh phòng thủ và sai Nguyễn Văn Tánh từ Bình Thuận đem quân tiếp viện Diên Khánh, rồi sai Nguyễn Huỳnh Đức điều bộ binh cùng Nguyễn Văn Thành làm phó, tiến ra Phan Rang. Trần Quang Diệu đánh Diên Khánh. Lê Trung đánh Du Lai, chặn đường tiếp viện của quân Nguyễn từ Bình Thuận. Tháng 1-2/1795 (tháng 12/Giáp Dần), Trần Quang Diệu cắt đứt đường lấy nước vào thành Diên Khánh, sai quân lăn sát trèo lên thành, bị súng bắn chết rất nhiều, sai đắp luỹ cao vây bốn mặt thành. Võ Tánh cố giữ. Diệu tấn công rất gấp. Trong thành thiếu muối, tướng sĩ ăn uống rất khổ. Nguyễn Ánh gửi thư dặn Tánh kiên quyết giữ, đợi mình chuẩn bị xong ghe thuyền sẽ tiến quân tiếp viện. Sai Tôn Thất Hội đóng quân ở Bà Rịa để điều khiển các đạo quân. Lê Trung đánh Phan Rí. Nguyễn Huỳnh Đức lui về Phố Hài (huyện Tuy Lý, Bình Thuận). Nguyễn Ánh ra lệnh cho Nguyễn Huỳnh Đức về giữ Ma Li (huyện Yên Phước, Bình Thuận), còn Nguyễn Văn Thành và thuộc bộ phải ở lại Phố Hài để chống địch. Tháng 2-3/1795 (tháng 1 Ất Mão) Nguyễn Ánh sai Đặng Trần Thường, tán lý binh vụ đến Bà Rịa họp cùng Chưởng Tiền quân Tôn Thất Hội để trù hoạch chiến lược. Vương sai Tôn Thất Hội đem nghìn quân chở súng đạn đến Phố Hài và Phan Thiết, họp cùng các đạo tiên phong, ngăn quân địch. Lê Trung đánh Phố Hài. Nguyễn Văn Thành chạy về Bà Rịa. Nguyễn Ánh hay tin, lập tức sai giám thành sứ Tô Văn Đoài bắt Nguyễn Huỳnh Đức và Nguyễn Văn Thành về Gia Định, lột hết quân đội, giao cho Tôn Thất Hội thống lãnh giữ Ma Li. Rồi gửi mật dụ cho Võ Tánh: "Đợi thuỷ sư tiến đến Cù Huân [gần huyện Vĩnh Xương, Khánh Hoà] thì sẽ đánh úp, một trận có thể thành công". Tháng 3-4/1795 (tháng 2 ÂL), vương sai Vệ uý ban trực tuyển phong hậu quân Thần sách là Ôlivi (Olivier) sang Hồng Mao (Ấn độ) mua binh khí. Để Đông cung trấn giữ Gia Định[54]. Nguyễn Ánh định chiến lược cứu Diên Khánh: Sai Nguyễn Văn Trương thống lãnh thuỷ binh Tiền, Hậu, Trung quân. Tôn Thất Hội thống lãnh bộ binh tiến đánh Phan Thiết. Trương Phước Luật điều khiển thủy binh các vệ tiến đánh kho Phan Rang, cướp gạo. Thủy binh Tây Sơn từ Vũng Diên đến, Tống Viết Phước phá được, chém đầu đô đốc Nguyễn Văn Sĩ, được thăng chức Chưởng Cơ. Tháng 4-5/1795 (tháng 3 ÂL) Vương tha tội và phục chúc cho Nguyễn Huỳnh Đức và Nguyễn Văn Thành: sai Đức đi theo Tôn Thất Hội, Thành ngự giá. Nguyễn Vương xuất quân ra cửa biển Cần Giờ, Tôn Thất Chương, Trương Phước Luật đi tiên phong, tới Cam Ranh, quân Tây Sơn bỏ chạy. Vương đến cửa Cù Huân. Trần Quang Diệu, Lê Văn Lợi, Nguyễn Văn Giáp, Nguyễn Văn Thận, Trần Viết Kết vẫn vây thành Diên Khánh. Vương sai Nguyễn Văn Thành và Lê Văn Duyệt lên bờ, đóng đồn, bắn đại bác để trong thành biết. Còn đại quân thẳng tiến đến Chử Châu (Phú Yên), xem xét tình hình, chia quân chặn đường về của Tây Sơn, rồi Vương kéo về qua vụng Hòn Khói, sai Nguyễn Văn Đắc đánh bảo Lập Trường, chém được đô đốc Gia và binh bộ Tiến, chiếm được Bình Khang. Văn Đắc được phong Chưởng Cơ. Nguyễn Ánh về đóng ở Cù Huân. Trần Quang Diệu đặt nhiều đồn trại ở Khố Sơn chống lại. Nhưng Lê Trung bắt đầu thiếu lương thực, báo tin cho Trần Quang Diệu, muốn lui quân về giữ Phan Rang, Nguyễn Ánh bắt được thư, liền sai Nguyễn Văn Đắc và Nguyễn Công Thái ngầm qua sông Phan Rang đặt đồn ngăn chặn, Nguyễn Văn Đắc tiến đánh kho lương Mai Nương, Tây sơn đem quân và voi đến, quân Nguyễn phải lui về Ba Ngòi. Tôn Thất Hội đóng quân ở sông Luỹ (Bình Thuận) đánh nhau với Lê Trung, thắng thế. Lê Trung phải lui quân về sông Cạn (Bình Thuận). Nguyễn Ánh tập trung quân đội giải vây thành Diên Khánh. Tháng 6-7/1795 (tháng 5 ÂL), Võ Tánh đang đêm mở cửa thành đánh ra, đốt trại của Lê Văn Lợi đặt bảo để giữ từ núi Sĩ Lâm đến cầu Hoa Bông.
Phú Xuân có loạn, Trần Quang Diệu rút quânTrong triều Tây Sơn, Quang Toản còn nhỏ, quyền hành ở cả trong tay thái sư Bùi Đắc Tuyên. Đắc Tuyên sai Ngô Văn Sở ra trấn Bắc Thành thay Võ Văn Dũng. Võ Văn Dũng từ Bắc Thành về, gặp Trần Văn Kỷ (quân sư của Quang Trung ngày trước, bị Tuyên đầy ra trạm Mỹ Xuyên), kể tội Tuyên chuyên quyền. Dũng về Phú Xuân, mưu cùng Nguyễn Văn Hưng và Nguyễn Văn Huấn, giết Bùi Đắc Tuyên, rồi triệu con là Đắc Thuận ở Quy Nhơn và Ngô Văn Sở ở Bắc về, giết cả. Trần Văn Kỷ trở lại làm phụ chính. Tháng 8-9/1795 (tháng 7 ÂL) Trần Quang Diệu đang giữ Khố Sơn, đồn luỹ vững không thể phá được. Quân Nguyễn nhờ Nguyễn Danh Nho, lính tuần Tây Sơn đầu hàng, dẫn đường tắt, đêm bò lên đánh úp, phóng lửa đốt, phá liền 12 đồn đất của Tây Sơn. Nguyễn Ánh tiến đánh Chử Châu (Phú Yên), Trần Quang Diệu rút quân về Quy Nhơn, Nguyễn Ánh mới vào được thành Diên Khánh. Trần Quang Diệu (vợ ông là bà Bùi Thị Xuân, cháu họ Bùi Đắc Tuyên) được tin có loạn trong triều, bèn đem quân về Phú Xuân, "hỏi tội" giết hại đình thần. Quang Toản phải dàn xếp, phong Trần Quang Diệu làm Thiếu Phó, Nguyễn Văn Huấn, Thiếu Bảo, Võ Văn Dũng, Tư Đồ, Nguyễn Văn Danh, Tư Mã: đó là tứ trụ triều đình. Tháng 9-10/1795 (tháng 8 ÂL) Nguyễn Ánh sửa lại thành Diên Khánh, làm thêm kho tàng. Để Tôn Thất Hội ở lại trấn giữ. Tháng 10-11/1795 (tháng 9 ÂL) Vương trở về Gia Định. Tháng 11-12/1795 (tháng 10 ÂL) sai Phạm Văn Nhơn phụ đạo Đông Cung. Quyết định này có thể do Trần Đại Luật dâng sớ xin chém đầu Bá Đa Lộc vì "cậy công bảo hộ Đông cung, kiêu ngạo". Phong Võ Tánh làm Khâm sai chưởng hậu quân dinh Bình Tây đại Tướng quân. Kể từ tháng 9/1795, Nguyễn Vương giữ từ Bình Khang [Khánh Hoà] trở vào Nam. Cảnh Thịnh, 12 tuổi, giữ từ Bình Định ra Bắc, dưới quyền phụ chính của Trần Văn Kỷ. Nguyễn Ánh, sau Nguyễn Huệ chỉ sợ Trần Quang Diệu. Nay Diệu đã rút về Phú Xuân. Trong triều Cảnh Thịnh các tướng tranh chấp nhau, nên quân Tây Sơn không đánh xuống Nam nữa, Nguyễn Ánh, được rảnh rang gần hai năm sửa sang binh bị và nội trị. Tháng 1-2/1796 (tháng 12/Ất Mão) lập Hàn Lâm Viện thị học. Sai đóng 15 chiến thuyền lớn, tên hiệu là Gia[55]. Tháng 4-5/1796 (tháng 3/Bính Thìn) mở khoa thi, lấy 273 người đỗ. Cải tổ binh bị. Tháng 7/1796 (tháng 6 ÂL) triệu Tôn Thất Hội ở Diên Khánh về. Sai Nguyễn Huỳnh Đức và Đặng Trần Thường trấn Diên Khánh cùng Phó tướng Tả quân Võ Văn Lượng. Tháng 8/1796 (tháng 7 ÂL) đặt thêm 5 dinh thuỷ quân. Tháng 2/1797 (tháng 1/Đinh Tỵ), tăng trưởng quân Thần Sách, đặt vệ Diệu Võ quân Thần Sách, bổ Lê Văn Duyệt làm Thuộc nội Vệ Uý vệ Diệu Võ. Vương lại sai Hoàng Trung Đồng và La Á Lục chia giữ 19 thuyền đại hiệu tên Long[56], tức là tầu lớn, để phân biệt với những tầu Phượng Phi, Long Phi và Bằng Phi, do Vannier, Chaigneau và de Forçanz cai quản từ năm 1800, là thuyền hiệu. Số lượng tầu, thuyền lớn nhiều như vậy, chứng tỏ không chỉ có ba người Pháp biết điều khiển tầu bọc đồng theo kiểu Tây phương, mà những người điều khiển, phần lớn là người Việt. Tháng 3/1797 (tháng 2 ÂL), Phó tướng Tả quân Võ Văn Lượng chết, Nguyễn Văn Thành thay thế. Để củng cố lực lượng cho Đông Cung, lúc đó đã 17 tuổi, phải thực sự cầm quân, Vương bổ Nguyễn Văn Thành và Phạm Văn Nhơn phò tá.
Nguyễn Ánh đánh Quy Nhơn lần thứ hai, 1797Tháng 5/1797 (tháng 4/Đinh Tỵ) Nguyễn Ánh đánh Qui Nhơn, sai Đông Cung Cảnh làm tư lệnh có các tướng Võ Bá Diên, Phạm Văn Nhơn và Nguyễn Công Thái phò tá. Nguyễn Kỳ Kế và Nguyễn Văn Phú coi lương. Tôn Thất Hội trấn giữ Gia Định. Thuyền Vương đến cửa Cù Huân [Khánh Hoà], Nguyễn Huỳnh Đức hộ giá. Để Nguyễn Văn Tánh, Nguyễn Văn Lợi giữ Diên Khánh; sai Nguyễn Văn Trương đem binh thuyền tiến đánh đô đốc Thiêm ở Tiên Châu [Phú Yên], thắng; đánh đô đốc Tính ở Đạm Thuỷ [Bình Định], bắt được 6 chiếc thuyền. Sai Võ Tánh và Nguyễn Văn Thành đem bộ binh đánh chợ Hội An [Phú Yên], phá được đồn, đô đốc Hiếu lui về La Thai [Phú Yên]. Thuyền Vương tiến thẳng đến cửa Thị Nại, đánh nhau với Tư lệ Lê Trung, bắt được nhiều thuyền ghe súng ống, Lê Trung phải rút về Trà Khúc [Quảng Ngãi]. Tháng 5-6/1797 (tháng 5 ÂL) Vương thấy Quy Nhơn phòng bị kỹ, khó đánh, bèn quyết định đem 100 chiến thuyền tấn công Đà Nẵng.
Mặt trận Quảng Nam, tháng 5-6-7/1797Đại binh Nguyễn Vương tiến đến Đà Nẵng, Thống lĩnh Tây Sơn Nguyễn Văn Chân thu hết tầu thuyền vào trong vịnh và Thiếu bảo Nguyễn Văn Huấn đóng quân hai bên bờ vịnh, chống lại. Hai bên giao chiến hai lần không phân thắng bại. Vương bèn sai Nguyễn Văn Trương, Nguyễn Văn Thịnh, Trần Văn Tứ, Trần Văn Búa, đi về phía Cu Đê [phiá bắc huyện Hoà Vang] đến cửa ải Hải Vân, đặt đồn ở chỗ hiểm. Cảnh Thịnh, lúc ấy 14 tuổi, phái Trần Quang Diệu giữ cửa Eo [cửa Thuận An] và sai Đô đốc Lê Văn An đem quân Thuận Hoá vào cứu Quảng Nam. Nguyễn Vương cho rằng Tây Sơn dồn hết lực lượng vào Đà Nẵng, thì Chiêm dinh [tức dinh Quảng Nam][57] sẽ không phòng bị, bèn sai Đông Cung đem quân vào cửa biển Đại Chiêm [Hội An], đánh lấy Chiêm dinh và gọi Võ Tánh ở Phú Yên ra họp với quân của Cảnh. Đông Cung chiếm được chợ Đông An ở Hội An, tiến đến Chiêm dinh, chia đặt đồn sở để giữ. Võ Tánh đến Đại Chiêm đánh nhau với đô đốc Nguyễn Văn Ngũ và thuyền của Tề Ngôi, thắng trận, thu được 30 thuyền chiến. Ở mặt trận Bình Khang [Khánh Hoà], tháng 5-6/1797, Tư lệ Lê Trung đem quân tiến đánh bảo Hội An [Phú Yên]. Nguyễn Ánh hay tin, lập tức sai Nguyễn Văn Thành đem quân triệt thoái về Bình Khang. Tại mặt trận Quảng Nam, tháng 6-7/1797 (tháng 6 ÂL) Nguyễn Văn Trương đón đánh viện quân của Lê Văn An từ Thuận Hoá ra, ở gò Phú Gia; An lui quân về Cu Thai. Võ Tánh đánh nhau với tiết độ Nguyễn Văn Giáp ở Mỹ Khê, có tham tri bộ binh Hồ Văn Định người Mỹ Khê hướng dẫn. Đông cung Cảnh thắng trận La Qua [huyện Diên Phúc] vua mật cho Phạm Văn Nhơn giữ cửa biển Đại Chiêm, Võ Bá Diên theo Đông cung đóng đồn ở Phú Chiêm, Nguyễn Công Thái đóng đồn ở núi Tam Thai [tức Ngũ Hành Sơn], chờ chỉ thị đánh úp. Vương lại sai Phó vệ uý vệ Túc trực Nguyễn Văn Khiêm (phụ tá Đông cung đánh Đà Nẵng) và thuộc nội vệ uý ÔLiVi (Olivier de Puymanel) đến tấn biển Đà Nẵng[58] đóng thuyền sam bản đánh hoả công, rồi chọn quân cảm tử cưỡi thuyền vào đốt thuyền Tây Sơn trong vịnh Đà Nẵng. Thống lĩnh Tây Sơn Nguyễn Văn Chân và Thiếu bảo Nguyễn Văn Huấn, một mặt cố giữ Đà Nẵng, một mặt xin cầu viện Quy Nhơn. Tư lệ Lê Trung ở Trà Khúc, sai đại đô đốc Lê Chất, đô đốc Đoàn Văn Cát, đô đốc Nguyễn Văn Xuân và đô đốc Hàn đem 2000 quân và 40 thớt voi đến cứu viện, giao tranh nhiều trận, quân Nguyễn chiếm lợi thế giết được nhiều voi Tây Sơn, đô đốc Hàn tử trận. Đô đốc Tây Sơn Lê Văn An đánh bảo Trạm Dã [Hoà Vang, Quảng Nam] bị Nguyễn Văn Thịnh đẩy lui. Nhưng quân Nguyễn bị thiếu lương thực. Nguyễn Ánh bèn sai Gia Định chở gạo lương tiếp viện đến Cù Huân [Khánh Hoà], rồi Trương Phước Luật từ Cù Huân, sẽ đem phân phát cho các quân thứ. Tháng 7-8/1797 (tháng 7 ÂL) Nguyễn Ánh sai Nguyễn Văn Thành và Đặng Trần Thường tiến đánh Phú Yên. Thành sợ không giữ được, không muốn đánh, Vương không cho. Nguyễn Ánh mật sai người dụ Nguyễn Bảo [con Nguyễn Nhạc] nếu giết được Tư lệ Lê Trung, thì sẽ được hưởng khoan hồng, không bị giết. Thuyền lương của Trương Phước Luật bị ngược gió và bị cướp biển chận, tiến rất chậm. Không đủ lương thực, Nguyễn Ánh phải ra lệnh cho các tướng rút quân về. Nguyễn Văn Thành và Đặng Trần Thường chiếm được các bảo Hội An và La Thai ở Phú Yên, cũng được lệnh bỏ về. Nguyễn Vương đem quân về Diên Khánh. Quân sĩ bị bệnh tật nhiều. Tháng 9-10/1797 (tháng 8 ÂL), Vương kéo quân về Gia Định. Để Nguyễn Văn Thành và Đặng Trần Thường ở lại giữ Diên Khánh. Chiến dịch đánh Quy Nhơn năm 1787 là một thất bại. Tây Sơn, sau cuộc nội biến trong triều, nhờ những tướng tài như Trần Quang Diệu, Lê Trung, vẫn còn mạnh thế, Nguyễn Ánh chưa thể thắng được. Biên giới hai bên, sau năm tháng đánh nhau, vẫn như cũ. Nguyễn Ánh nghỉ binh trong hai năm nữa để chấn chỉnh quân đội.
Nguyễn Ánh đóng tầu, xây thành, củng cố quân Thần SáchTháng 12/1797-1/1798 (tháng 11/Đinh Tỵ) Nguyễn Ánh sai đóng thêm 50 thuyền đi biển, 100 thuyền sai và 200 thuyền chiến. Đắp bảo Kinh dinh và Mai Nương ở Bình Thuận, sai Phó tướng Phan Tiến Hoàng coi công việc. Sai chưởng cơ Tống Viết Phước làm cai Tầu vụ. Tháng 2-3/1798 (tháng 1/Mậu Ngọ) sai Du Hải Quan đi Hạ Châu (Singapore) tìm mua đồ binh khí. Tháng 3-4/1798 (tháng 2 ÂL) sửa lại thành Mỹ Tho, Phạm Văn Nhơn trông coi. Lại sai các đội mộc đĩnh (xuồng gỗ) ở Chính dinh [Sài Gòn] đi Quang Hoá[59] tìm chở ván gỗ để đóng chiến thuyền lớn và thuyền kiểu Tây dương. Vua đến xem. Tháng 5-6/1798 (tháng 4 ÂL) sai Lễ bộ Ngô Tòng Châu cùng nguyên Lễ bộ kiêm Đốc học Nguyễn Thái Nguyên phụ đạo Đông Cung. Như vậy, Bá Đa Lộc lúc này không còn chức phụ đạo nữa. Đông Cung rất kính trọng Ngô Tòng Châu; vị học giả này, sau khi tử tiết ở Bình Định cùng Võ Tánh, năm 1801, được phong làm Thái Tử Thái sư tước Quận công, thờ ở Thế Miếu. Quân Nguyễn mạnh về thủy binh, Tây Sơn mạnh về bộ binh, nhất là binh đội xây dựng cầu cống và thành luỹ: Trần Quang Diệu có thể cho đắp một loạt bảo (thành đất) rất kiên cố trong một thời gian kỷ lục. Vì vậy, từ tháng 7-8/1798 (tháng 6 ÂL), Nguyễn Ánh cải tổ lại quân đội, đặc biệt mở rộng quân Thần Sách, đưa việc chế tạo bom đạn, đúc súng đại bác và xây đắp thành lũy, lên hàng đầu. Vương đặt năm đồn quân Thần Sách: Trung đồn, Tiền đồn, Tả đồn, Hữu đồn và Hậu đồn (mỗi đồn 4 vệ, mỗi vệ khoảng 600 quân) có Chánh thống và Phó thống cai quản[60]. Lấy Phó tướng Tả quân Phạm Văn Nhơn làm Chưởng cơ Giám quân quân Thần sách, thống suất năm đồn quân Thần Sách[61]. Trong những chiến dịch sắp tới, 5 đồn quân Thần Sách do Phạm Văn Nhơn thống lĩnh sẽ giữ vai trò quan trọng trong các chiến thắng của Nguyễn Ánh. Tháng 9-10/1798 (tháng 8 ÂL) Ngô Tòng Châu dâng sớ nêu những cái hại của "Phật, Lão, Dương Mặc (Da-Tô)". Bá Đa Lộc rất ghét. Tháng 11-12/1798 (tháng 10 ÂL), Vương triệu Nguyễn Văn Thành và Đặng Trần Thường ở Diên Khánh về; sai Đông Cung (18 tuổi) thống lĩnh tướng sĩ dinh Tả quân và vệ Tiền quân Thần Sách, đến giữ Diên Khánh, lần thứ hai. Có Bá Đa Lộc, và các tướng Tống Viết Phước, Nguyễn Công Thái, hậu thuẫn. Phong Đặng Đức Siêu làm Tham mưu Trung dinh.
Nguyễn Bảo xin hàngNhư trên đã nói, khoảng tháng 7-8/1797, khi đánh Quảng Nam, Nguyễn Ánh đã sai người dụ Nguyễn Bảo (con Nguyễn Nhạc) giết Lê Trung để lập công. Khi Nguyễn Ánh về Gia Định, Bảo ngầm ý quy thuận. Năm 1798 (không rõ tháng), Nguyễn Bảo đánh úp Quy Nhơn, Nguyễn Văn Hưng thua chạy. Chiếm được Quy Nhơn rồi, Bảo sai đô đốc Đoàn Văn Cát và đô đốc Nguyễn Văn Thiệu giữ chợ Hội An [Phú Yên] rồi sai người dâng biểu xin hàng. Tháng 12/1798-1/1799 (tháng 11 ÂL) Nguyễn Ánh sai Nguyễn Văn Thành và Đặng Trần Thường đem quân đóng ở sông Đà Diễn [Phú Yên] để Thành tiếp ứng Nguyễn Bảo. Nhưng Thành chưa kịp đến thì Quang Toản đã sai quân vây Quy Nhơn, bắt Bảo giết đi, để Lê Văn Thanh trấn thủ Quy Nhơn. Đoàn Văn Các và Nguyễn Văn Thiệu bèn chạy đến Diên Khánh xin hàng quân Nguyễn. Trong vụ binh biến này, Quang Toản nghi Tư lệ Lê Trung (thuộc nhóm Bùi Đắc Tuyên) ở Trà Khúc, có dính líu, bèn gọi Lê Trung về Thuận Hoá, giết đi. Rồi lại nghe lời gièm giết cả Thiếu bảo Nguyễn Văn Huấn[62]. Sau vụ giết hại công thần lần thứ hai này, triều đình Tây Sơn thực sự ly tán. Tháng 4/1799 (tháng 3/Kỷ Mùi), khi Nguyễn Ánh đánh Quy Nhơn lần thứ ba, đại đô đốc Tây Sơn Lê Chất, con rể Lê Trung, nổi tiếng thiện chiến, bỏ theo Nguyễn Ánh, được phong làm Tướng quân, dưới quyền điều khiển của Võ Tánh. Các tướng Tây Sơn khác: Đại đô đốc Võ Đình Giai, Nguyễn Văn Điểm, Đô đốc Lê Văn Niệm, Hồ Văn Viện, Trần Văn Lân, Đô uý Mai Gia Cương, Nguyễn Văn Trí, cùng theo đến hàng. Lỗi lầm của Cảnh Thịnh, lần này, ở tuổi 16, đưa đến những hậu quả tai hại, không thể cứu vãn nổi. Tháng 12/1798, Chưởng Tiền quân Bình tây đại tướng quân Tôn Thất Hội bị bệnh mất ở Sài Gòn, nơi ông đang làm trấn thủ, ở tuổi 41 (ÂL). Tôn Thất Hội, hơn Ánh khoảng 5 tuổi, là một trong những tướng cột trụ của Nguyễn Ánh từ đầu. Ông học rộng, là nhà kiến trúc, phụ trách đắp hai thành Gia Định và Diên Khánh; sau khi mất, được phong Nguyên Phụ công thần đặc tiến Thượng trụ quốc Chưởng dinh. Nguyễn Văn Thành lên thay thế làm Chưởng dinh Tiền quân. Tháng 1-2/1799 (tháng 12/Mậu Ngọ) Vương sai Vệ uý Ô Li Vi (Olivier) đi thuyền hiệu Thanh Tước đến Hạ Châu (Singapore) tìm mua binh khí. Puymanel mất ngày 23/3/1799, ở tuổi 31, tại Malacca[63]. Tháng 2-3/1799 (tháng 1/Kỷ Mùi), Vương sai Phó thống Hậu đồn quân Thần sách Nguyễn Đức Xuyên quản vệ Hùng võ và kiêm luôn 5 Cơ tượng (voi). Trong thời gian từ tháng 11-12/1798 đến tháng 5/1799, không có chiến tranh, Đông cung vẫn trấn thủ Diên Khánh, cùng phó tướng Tống Viết Phước, phó tướng Nguyễn Công Thái và Bá Đa Lộc. Tống Viết Phước tính nóng, tỳ tướng có lỗi bị đánh roi, lúc giận, xỉ nhục Bá Đa Lộc, bị gọi về Gia Định. Để chuẩn bị cho chiến dịch đánh Quy Nhơn, tháng 3/1799 (tháng 2 ÂL), Nguyễn Vương sai Nguyễn Văn Thụy và Lưu Phước Tường sang Xiêm, nhờ vua Xiêm vận động quân Chân Lạp sang giúp cùng quân Vạn Tượng theo đường núi đánh xuống Nghệ An. Vua Xiêm ưng thuận.
Nguyễn Ánh đánh Quy Nhơn lần thứ ba, 1799Trước khi xuất quân, Vương ban 32 điều quân luật để răn quân sĩ. Sai hoàng tử thứ hai Hy trấn thủ Gia Định, cùng với Chưởng cơ Nguyễn Văn Nhơn, Hình bộ Nguyễn Tử Châu và đốc học Nguyễn Thái Nguyên. Sai công bộ Trần Văn Thái đốc thúc đóng thuyền chiến để sẵn. Tháng 4/1799 (tháng 3 ÂL), Vương cử đại binh đi đánh Quy Nhơn. Sai Nguyễn Văn Thành điều bộ binh đi trước ra Diên Khánh. Vương thân đốc binh thuyền qua cửa Cần Giờ, Nguyễn Văn Trương tiên phong, Nguyễn Văn Thịnh và Trịnh Hoài Đức vận lương. Tháng 5/1799 (tháng 4 ÂL) thuyền Nguyễn Vương đến vũng Cù Huân, dừng lại ở thành Diên Khánh. Sai Nguyễn Văn Thành đánh Phú Yên. Nguyễn Đình Đắc và Nguyễn Công Thái phò Đông Cung. Để tướng thượng đạo Nguyễn Long trấn Diên Khánh. Nguyễn Vương tiến đến Thị Nại. Sai Võ Tánh và Nguyễn Huỳnh Đức đem quân đóng ở Phú Trung. Được tin, Trần Quang Diệu và Võ Văn Dũng đem binh Phú Xuân vào cứu, tiến đến Quảng Nam. Nguyễn Ánh sai Lê Văn Duyệt và Nguyễn Đức Thiện đem quân Tả đồn và Hậu đồn (Thần sách) thẳng tới Tân Quan (tức Tam quan, thuộc Bình Định), đóng giữ các chỗ hiểm yếu. Đại đô đốc Tây Sơn Đoàn Văn Cát giữ hai bảo Thái An và Vĩnh Thuận. Nguyễn Văn Trương đem thuyền tuần tra biển Quảng Ngãi. Võ Tánh và Nguyễn Huỳnh Đức đánh nhau với Tây Sơn ở Thị Dã [tức Đồng Thị, Bình Định], Trương Tiến Thúy thua chạy, Võ Tánh đuổi đến cầu Tân An[64] chém được đô đốc Nguyễn Thực. Phiá Nguyễn, Vệ uý Thần sách Tôn Thất Nông tử trận. Lê Văn Duyệt tiến đến Đạm Thủy [Nước Ngọt] đốt kho lương, chém tướng Giảng, tiến đến Thạch Tân[65]. Nguyễn Văn Thành đánh bảo Hội An, Phạm Văn Điềm đầu hàng, thu phục được Phú Yên. Vương sai Nguyễn Văn Thành tiến quân tiếp ứng Võ Tánh. Tháng 6/1799 (tháng 5 ÂL) quân Nguyễn đến sát thành Quy Nhơn. Nguyễn Ánh đến bảo Lãnh Vạn. Sai Võ Tánh làm đại tướng điều khiển bốn dinh quân ngũ. Nguyễn Ánh thân chinh đánh Tân Quan [Quảng Ngãi], phái Nguyễn Công Thái, Nguyễn Đình Đắc, Tống Viết Phước và Phan Văn Kỳ đóng đồn từ Cung Quăng [Quảng Ngãi] đến Sa Lung chặn đường đại quân tiếp viện của Tây Sơn. Tháng 7/1799 (tháng 6 ÂL) Trần Quang Diệu và Võ Văn Dũng tiến quân đến Quảng Ngãi, nghe tin Nguyễn Ánh đã chiếm Tân Quan liền bỏ thuyền lên bộ, đem mấy vạn quân, thế mạnh vũ bão, tiến thẳng đến Bình Định. Nguyễn Ánh vẫn sợ Trần Quang Diệu, ra mật lệnh rút lui. Lê Văn Duyệt và Tống Viết Phước đều can. Trần Quang Diệu đóng quân ở núi Thạch Tân. Võ Văn Dũng đem quân lên Chông Hàm định đi tắt xuống đánh úp, ban đêm quân đi trong rừng, có con nai nhỏ, quân đi trước kêu: "Nai! Nai!" Quân đi sau tưởng: "Quân Đồng Nai!" (tức quân Nguyễn Ánh), hoảng sợ, chạy toán loạn. Tống Viết Phước lợi dụng đem quân ra đánh, quân Tây Sơn tan vỡ; bắt được tù binh, đem đến rao trước thành Quy Nhơn để thị uy. Võ Văn Dũng thua trận nhưng được Trần Quang Diệu che chở không báo về kinh, biết ơn, sau sẽ liên kết chặt chẽ với Trần Quang Diệu. Đại binh Nguyễn Ánh đến Thạch Tân. Trần Quang Diệu và Võ Văn Dũng lui quân về Thanh Hảo [Quảng Ngãi], Trần Viết Kết đem thuyền từ Thuận Hoá đến họp. Ở Pháp, đảo chánh 18/6/1799, chấm dứt chế độ Chấp Chánh Hội Nghị (Directoire, 5 người cùng cầm quyền), lập chế độ Tổng Tài (Consulat). Nã Phá Luân làm đệ nhất Tổng Tài (1799-1804), rồi tự xưng Đại Đế (1804-1814).
Võ Tánh chiếm Quy NhơnỞ Quy Nhơn, Thái phủ Tây Sơn Lê Văn Ứng, nghe tin viện binh Phú Xuân đến, bèn đem 6.000 quân tinh nhuệ và hơn 50 thớt voi đến ấp Tây Sơn thượng, chở quân lương tiếp viện. Võ Tánh biết tin, lệnh cho Nguyễn Văn Thành đem quân và voi, Nguyễn Đức Xuyên tả đạo; Nguyễn Công Điền và Lê Chất, hữu đạo, Võ Tánh tự cầm trung đạo, cùng tiến đánh Lê Văn Ứng ở Cà Đáo, bắt được hết quân và voi. Ứng trốn thoát. Thấy Lê Văn Ứng thua, trong thành Quy Nhơn không đủ lương thực, Đại tổng quản Lê Văn Thanh, thượng thư bộ binh Nguyễn Đại Phác và thiếu úy Trương Tiến Thúy xin hàng. Nguyễn Vương lấy nghiã "vua, tôi" đối xử. Tháng 7/1799, Nguyễn Ánh vào thành Quy Nhơn, đổi tên là Bình Định, phủ dụ các hàng tướng, quân sĩ. Để Võ Tánh và Ngô Tòng Châu ở lại giữ Bình Định. Nguyễn Văn Trương thắng thuỷ quân của Trần Viết Kết ở ngoài biển Mỹ Ý [Quảng Ngãi]. Cảnh Thịnh bèn cử đại binh ở Thuận Hoá vào cứu viện, đóng ở sông Trà Khúc [Quảng Ngãi], sai nội hầu Lê Văn Lợi đánh bảo Mân Khê. Phó tướng Hữu quân Nguyễn Văn Lợi đóng chặt thành chống giữ. Lê Văn Lợi vây riết ba ngày, Nguyễn Văn Lợi dùng đại bác hoả xa, bắn quân Tây Sơn chết hại rất nhiều. Trần Viết Kết đem hơn trăm chiến thuyền Tây Sơn vào cửa Sa Huỳnh, định đánh úp sau lưng thành Mân Khê. Đêm ấy bão to, thuyền Tây Sơn đắm nhiều. Trần Viết Kết phải lui về cửa biển Cổ Lũy. Lê Văn Lợi lui về Trà Câu [Quãng Ngãi]. Tháng 9/1799 (tháng 8 ÂL) Quang Toản giục tướng sĩ theo đường bộ tiến đánh, Trần Viết Kết nói: ngược gió đánh thủy không tiện. Võ Văn Dũng và Trần Quang Diệu khuyên Quang Toản trở về Thuận Hoá để bọn họ định liệu. Toản bèn về. Diệu, Dũng cũng lui quân về Quảng Nam, để tiết độ Nguyễn Văn Giáp đóng giữ Trà Khúc. Nguyễn Văn Thành xin tiến quân đánh Thuận Hoá, nhưng Võ Tánh cản. Nguyễn Vương thấy quân đánh trận đã lâu, cũng thôi, thu xếp về Gia Định. Trong lá thư dài viết ngày 1/5/1800, gửi các Giám đốc Viện Thừa sai, giáo sĩ Le Labousse giải thích tại sao Nguyễn Ánh rút về Gia Định sau khi đã chiếm được Quy Nhơn tháng 7/1799: "Chiến dịch năm ngoái mà vua đã gặt hái bao thành công cũng có mặt bất lợi. Vài ngày sau khi chiến thắng vào Qui Nhơn [tháng 7/1799], một trận cuồng phong làm tứ tán thuyền của vua và quân địch, nhưng địch quân được gió thổi đằng sau đẩy thuyền vào vịnh, họ không bị thiệt hại nhiều. Hạm đội của vua kém may mắn, ga-le và tầu của vua bị đẩy đi xa, cái thì bị thổi ra khơi, xéo về phiá Hoàng Sa, cái thì bị thổi về đảo Hải Nam và vịnh Bắc Hà. Nhà vua chỉ bị mất vài tầu nhỏ thứ tồi và vài ga-le; nhưng tất cả hạm đội của ông bị hư hại nặng; vì thế ông phải bắt buộc trở về Đồng Nai [Sài Gòn] và để cho em rể [Võ Tánh] ở lại giữ Qui Nhơn"[66]. Tháng 10/1799 (tháng 9 ÂL) Vương sai Phạm Văn Nhơn quản 5 đồn quân Thần sách, Võ Di Nguy, quản dinh Trung thuỷ, và Công bộ Trần Văn Thái thống lãnh các hạng thuyền ghe, theo Đông cung về Gia Định trước. Sai Nguyễn Văn Trương giữ cửa biển Thị Nại. Sai Nguyễn Văn Tánh và Đặng Trần Thường giữ Diên Khánh. Trong chiến dịch đánh Quy Nhơn lần này không thấy ghi Đông cung xuất trận. Bá Đa Lộc mất ở Quy Nhơn ngày 9/10/1799 sau ba tháng bị bệnh dịch tả[67], được đưa về Gia Định chôn cất. Tháng 11/1799 (tháng 10 ÂL) Nguyễn Ánh về tới Gia Định. Đóng thêm 100 chiếc thuyền. Trưng dụng thợ đúc, thợ bạc ở các dinh Phú Yên, Bình Khang, Bình Thuận về Gia Định để đúc súng ống và binh khí.
Trần Quang Diệu, Võ Văn Dũng vây Bình ĐịnhTrần Quang Diệu và Võ Văn Dũng định tháng 1/1800 tiến đánh chiếm lại Bình Định. Được tin, Nguyễn Ánh mật báo cho Nguyễn Văn Tánh và Đặng Trần Thường sửa sang thành Diên Khánh, chuẩn bị sẵn. Sai Nguyễn Văn Trương đem tất cả binh thuyền ở cửa Thị Nại về Cù Huân. Mật báo cho Võ Tánh: "Đem quân hai đồn tả hữu Ngự lâm ra núi đóng để liên lạc với quân Diên Khánh". Triệu Lê Chất về giữ dinh Trấn Biên [Biên Hoà]. Tháng 1/1800 (tháng 12 Kỷ Mùi) sửa thành Mỹ Tho, sai Nguyễn Huỳnh Đức trông nom. Đại binh thuỷ bộ của Trần Quang Diệu và Võ Văn Dũng đã đến Bình Định. Nguyễn Ánh dự tính lương thực trong thành Bình Định còn đủ một năm, định tới năm sau thuận gió, sẽ đem quân giải vây. Tháng 2/1800 (tháng 1/Canh Thân), bộ binh của Trần Quang Diệu tiến đánh Thạch Tân. Thuỷ binh của Võ Văn Dũng tiến đánh Thị Nại. Hậu quân Nguyễn Văn Biện phải rút vào thành Bình Định. Võ Tánh đóng chặt cửa thành không tiếp chiến. Trần Quang Diệu đắp lũy dài vây bọc thành Bình Định, chu vi 4.340 trượng, mỗi trượng 2 người tuần giữ, bộ binh vây thêm vài vòng. Võ Văn Dũng chỉ huy hai chiếc thuyền đại hiệu Định quốc và hơn 100 thuyền chiến chặn ngang cửa biển Thị Nại; dựng hai bảo ở bãi Nhạn Châu bên tả và ở núi Tam Toà bên hữu, đặt nhiều súng lớn, ở chỗ cao, thế hiểm, chặn địch không thể vào. Cô lập Võ Tánh và Ngô Tòng Châu trong thành. Tướng Tây Sơn Phạm Văn Điềm trước đã ra hàng, nay nghe tin quân Tây Sơn đến Bình Định, bèn chiếm Phú Yên, liên kết với Võ Văn Dũng và Trần Quang Diệu. Thế Tây Sơn rất mạnh. Nguyễn Ánh sợ quân Tây Sơn thuận gió sẽ vào chiếm Gia Định, bèn ra lệnh phòng thủ các dinh trấn trong Nam. Sai Mạc Tử Thiêm làm trấn thủ Hà Tiên. Quân lính Bắc Hà, Thuận Hoá mới hàng, thấy Tây Sơn trở lại, nhiều người đào ngũ. Tháng 2-3/1800 (tháng 2 ÂL) Vương sai hoàng tử thứ hai là Hy quản suất Tiền chi và vệ Cung võ dinh Trung quân. Lại cho rằng người Hồng Mao quen thuỷ chiến, Vương sắc cho thuyền trưởng Khâm sai Cai đội Ba La Di (Barisy) tập họp các thuyền buôn lại, dự bị quân nhu và chiến cụ, đợi điều khiển. Bắt 5000 binh Chân Lạp, hẹn ngày họp đủ để theo việc quân. Sai Cai đội Nguyễn Văn Chấn (Vannier) quản tầu Phượng Phi, Nguyễn Văn Thắng (Chaigneau) quản tầu Long Phi, Lê Văn Lăng (De Forçanz), quản tầu Bằng Phi, theo Trung quân. Tháng 2-3/1800, đóng thêm 6 tầu đại hiệu và hơn trăm thuyền chiến. Nguyễn Văn Thụy từ Vạn Tượng trở về cho biết Vạn Tượng chịu liên kết đánh Nghệ An. Nguyễn Vương đại duyệt binh ở Đồng tập trận. Đổi 5 đồn quân Thần Sách thành 5 dinh Thần Sách [tức là mở lớn thêm nữa]. Phạm Văn Nhơn làm Giám quân Thần Sách. Tháng 4/1800 (tháng 3 nhuận) lấy hàng thần là đốc học Nguyễn Gia Cát làm đốc học, dạy Đông Cung (Gia Cát là tiến sĩ nhà Lê). Lấy những người khoa bảng của nhà Lê và nhà Tây Sơn sung vào Hàn Lâm Viện. Lệnh cho dân Gia Định làm ruộng trồng dâu nuôi tằm. Nước Xiêm biếu 30 xe thóc.
Nguyễn Ánh xuất quân cứu Bình ĐịnhTháng 4-5/1800 (tháng 3 nhuận), trong thành Bình Định, hai hàng tướng Tây Sơn là Võ Văn Sự và Nguyễn Bá Phong cùng hơn 400 quân, thấy Trần Quang Diệu, Võ Văn Dũng vây thành, bèn giết lính Nguyễn, mở cửa thành phiá Bắc ra tiếp ứng quân Trần Quang Diệu, uy thế Tây Sơn rất mạnh. Hàng quân Tây Sơn còn lại trong thành, bị Võ Tánh giết hết. Nguyễn Vương hay tin, vội cử binh cứu viện. Sai Đông Cung Cảnh giữ Gia Định cùng với Nguyễn Văn Nhơn và Nguyễn Từ Châu. Nguyễn Vương đem thuỷ quân ra Vũng Tầu, cho hoàng tử thứ tư đi theo [tức là Minh Mạng, sinh năm 1791, lúc đó 9 tuổi]. Nguyễn Đức Xuyên quản bộ binh và voi đi đường bộ. Tháng 5-6/1800 (tháng 4 ÂL), Nguyễn Đức Xuyên tiến đến Diên Khánh. Nghe tin quân Tây Sơn từ Phú Yên trở ra đắp hơn chín chục bảo sở, uy thế rất mạnh. Xuyên xin lui về Phan Rí chờ thủy quân, vương bắt ở lại Diên Khánh. Thuyền vương đến cửa biển Cù Huân. Sai hoàng tử thứ hai là Hy trấn giữ Diên Khánh. Sai Nguyễn Đức Xuyên, Nguyễn Văn Tánh, Đặng Trần Thường đánh Phú Yên, thuỷ quân của Nguyễn Văn Trương đi trước. Dụ rằng: "Ta nay thân cầm sáu [đạo] quân, tiễu trừ nghịch tặc là ở trận này. Các ngươi phải nên cố gắng. Ai có thể bắt hay chém được chủ tướng giặc là Trần Quang Diệu, Võ Văn Dũng, thì chánh quản được phong tước Công, phó quản trở xuống được gia cho một hàm và thưởng tiền một vạn quan."[68]
Trần Quang Diệu không giải toả Bình ĐịnhTrần Quang Diệu sai Đại đô đốc Đào Công Giản và Đô đốc Tuấn (không rõ họ) đem quân Hổ hầu vào Phú Yên, họp với Phạm Văn Điềm đóng giữ các bảo Hội An và La Thai. Thuyền Nguyễn Vương tiến đến Tích Áo [Vũng Tích, Phú Yên], sai Nguyễn Văn Thành điều bộ binh tiến đánh Xuân Đài, Trần Đắc Khoan coi lương. Tháng 6-7/1800 (tháng 5 ÂL) Chân Lạp đem 5.000 quân đến tiếp viện. Nguyễn Văn Thành tiến đánh Xuân Đài chia ba đạo do Lê Chất, Nguyễn Đình Đắc và Trương Tiến Bảo chỉ huy, đánh nhau với Tây Sơn ở Xích Thổ và Thanh Kỳ [Phú Yên], chiếm được bảo Hội An. Phiá Tây Sơn, Đô đốc Tuấn và Phạm Văn Điềm lui về gò Ái Thạch, dựa thế núi để giữ. Quân Nguyễn Đức Xuyên tới họp với quân Nguyễn Văn Thành tiến đánh, quân Tây Sơn thua rút về La Thai. Nguyễn Văn Thành theo đường tắt vượt đèo đánh úp sau lưng. Đại đô đốc Đào Công Giản bị Võ Tánh đón đánh, bắt được. Phạm Văn Điềm và đô đốc Tuấn chạy thoát. Ở Quy Nhơn, Võ Tánh cùng tướng sĩ mở cửa Nam, đánh nhau với quân Tây Sơn ở núi Tam Tháp, đốt phá luỹ, chiều tối lại rút quân về thành. Trần Quang Diệu càng vây chặt hơn. Nguyễn Vương sai Trịnh Hoài Đức chở lương ở Cù Huân đến tiếp viện Xuân Đài. Quân Nguyễn vẫn không phá được vòng vây Tây Sơn để cứu Võ Tánh ở Bình Định. Triệu hoàng tử Hy đến đóng ở bảo Hội An [Phú Yên], để Lưu Tiến Hoà giữ Diên Khánh. Tháng 7-8/1800 (tháng 6 ÂL) Nguyễn Văn Thụy và Lưu Phước Tường cùng quân Vạn Tượng đi đường núi tiến đánh Nghệ An. Phiá Tây Sơn: Đô đốc Nguyễn Doanh Nhạc thua ở Bố Đồn, phò mã Nguyễn Văn Trị thua ở Lam Đồn. Thuyền Nguyễn Vương tiến đóng cửa biển Cù Mông [bắc Phú Yên, gần Quy Nhơn]. 5000 viện binh Chân Lạp đến bảo Hội An [Phú Yên], sẽ do Nguyễn Văn Thành điều khiển. Nguyễn Văn Thành đánh bảo Chủ Sơn [ở phiá Nam huyện Tuy Viễn, Bình Định], đào hầm đặt ngầm thuốc súng đánh địa lôi, bảo bị đổ hơn hai trượng, nhưng vẫn không hạ được; vệ uý Nguyễn Công Trọng trúng đạn chết. Vương sai các dinh Thần Sách: Nguyễn Huỳnh Đức, Phạm Văn Nhơn, Tống Viết Phước, Mai Đức Nghị chia quản các thuyền ghe giữ cảng Cù Mông; Võ Di Nguy, đóng giữ đồn Thước Áo, Nguyễn Hữu Chính giữ bảo hữu ngạn Cù Mông. Đánh từ tháng 8 đến tháng 12/1800, quân Nguyễn Ánh thắng vài trận: Nguyễn Văn Thành chiếm được bảo Chủ Sơn, nhưng vẫn không làm chủ được tình hình, quân tướng Tây Sơn ra hàng thường bỏ trốn hoặc chống lại.
IV- Nguyễn Vương thống nhất đất nước
Trận Thị Nại, 1801, Võ Di Nguy tử trậnTháng 1-2/1801 (tháng 12/Canh Thân) Nguyễn Ánh vẫn chưa giải vây được Bình Định: dưới nước, thuỷ quân Võ Văn Dũng giữ chặt cửa biển Thị Nại. Trên bộ, quân Trần Quang Diệu vây chặt thành Bình Định mấy vòng. Ban đêm Võ Tánh mở cửa thành ra đánh đốt trại địch, quân Tây Sơn bỏ chạy, nhưng sáng sớm lại trở lại vây đông hơn. Tháng 2-3/1801 (tháng 1/Tân Dậu), Vương sai Nguyễn Văn Thành tiết chế các đạo bộ binh. Đặng Đức Siêu dâng chiến thuật đánh hoả công, nay dụng cụ đã làm xong. Vương mật định hôm 28/2/1801 (16/1/Tân Dậu), cất quân đánh úp. Để Phạm Văn Nhơn giữ Cù Mông, Vương thân chinh đem thuỷ quân tiến phát. Nửa đêm hôm ấy, qua Tiêu Cơ, Nguyễn Văn Trương tiên phong, bắt được lính tuần của Tây Sơn, biết khẩu hiệu, Trương cho thuyền nhỏ lẻn vào Tiêu Ki, chèo qua thuyền lớn đến miếu Tam Toà, chém được Đô đốc Trà, đốt rất nhiều thuyền địch[69]. Võ Di Nguy, Lê Văn Duyệt đánh nhau kịch liệt với quân Võ Văn Dũng. Võ Di Nguy tử trận. Lê Văn Duyệt xông lên, cuối cùng, quân Nguyễn đại thắng. Toàn bộ chiến hạm của Võ Văn Dũng bị đốt cháy gần hết. Trận Thị Nại 1801 là võ công lớn nhất của Nguyễn Ánh, làm thay đổi cục diện chiến tranh. Trận này có ba người Pháp tham dự là Cai đội Nguyễn Văn Chấn (Vannier) quản tầu Phượng Phi; Nguyễn Văn Thắng (Chaigneau), Long Phi, và Lê Văn Lăng (de Forçanz), Bằng Phi. Ba người này sẽ tiếp tục dự các chiến dịch Quảng Nam và Phú Xuân. Thua trận, Võ Văn Dũng thu thập tàn quân hợp lại với Trần Quang Diệu, sai Tư khấu Định giữ Thạch Tân [biên giới Bình Định-Quảng Ngãi], đô đốc Nguyễn Văn Ngữ giữ Đạm Thuỷ [Nước Ngọt, Bình Định], đô đốc Võ Văn Sự giữ Tân Quan [Quảng Ngãi]. Thắng trận Thị Nại, nhưng Nguyễn Ánh vẫn không thể giải vây được Quy Nhơn. Ngày 20/3/1801 (ngày Quý Sửu 6/2/Tân Dậu) Hoàng tử Cảnh mất vì bệnh đậu mùa tại Gia Định, ở tuổi 22. Nguyễn Văn Nhơn và Nguyễn Tử Châu giữ Gia Định. Ở mặt trận Phú Yên, Tây Sơn thắng thế: Phạm Văn Điềm chiếm bảo Hội An, Nguyễn Đức Thiện, Trần Văn Trạc, Phạm Tiến Tuấn phải lui về giữ Xuân Đài. Vương sai Nguyễn Đức Xuyên và Tống Viết Phước ra đánh, Tây Sơn rút quân về.
Nguyễn Văn Trương chiếm Quảng Ngãi, Quảng NamSau chiến thắng Thị Nại, Vương ở lại vùng Cù Mông-Thị Nại, tháng 3-4/1801 (tháng 2 ÂL) sai Nguyễn Văn Trương đem thuỷ binh ra đánh Quảng Ngãi, Quảng Nam cùng với các vệ quân Thần Sách của Phan Văn Đức, vệ Phấn Dực Trung quân của Tống Phước Lương, vệ Thuận Võ của Vương Văn Học. Tháng 4-5/1801 (tháng 3 ÂL), Nguyễn Văn Trương tiến đến cửa biển Cổ Lũy [Quảng Ngãi] đánh kho Trà Khúc, Đô đốc Tuấn bỏ chạy. Phá được Trà Khúc, Nguyễn Văn Trương tiến vào cửa biển Đại Chiêm, chiếm Hội An và Phú Triêm. Hoàng Văn Tự đem binh bản bộ tiếp ứng, bắt được 24 thớt voi Tây Sơn. Đại đô đốc Tây Sơn Nguyễn Văn Xuân và Trấn thủ Văn Tiến Thể giữ ải La Qua, bị Nguyễn Văn Trương đánh úp, thua chạy, thu được 80 khẩu đại bác. Nguyễn Văn Trương chiếm lại dinh Quảng Nam. Nguyễn Vương sai Phạm Văn Nhơn quản ba chiếc thuyền đại hiệu tiến ra Đà Nẵng, cùng các thuyền hiệu Long Phi, Phượng Phi, Bằng Phi do Chaigneau, Vannier và de Forçanz cai quản. Cho tham quân Tượng dinh Lê Nguyên (quê Quảng Nam) theo Nguyễn Văn Trương, dẫn đường, dặn Trương chọn nơi hiểm yếu đặt ba bảo theo hình tam giác, sau bảo có Trường Giang (sông lớn nối cửa Đại Chiêm với Tam Kỳ) để thuỷ bộ tiếp ứng được nhau.[70] Trần Quang Diệu và Võ Văn Dũng sai đặt đồn bảo liên tiếp ở Phú Hoà, cầu Đông Giang, cầu Tân Hội [Quảng Ngãi], chống lại. Nguyễn Vương sai Lê Văn Duyệt và Nguyễn Văn Khiêm tiến đánh, thắng, bắt được Đô đốc Nguyễn Bá Phong, nhưng Vệ uý vệ ban trực tả là Võ Văn Tài trúng đạn chết. Nguyễn Vương vào đến cầu Tân Hội. Tây Sơn nhiều lần đánh bảo Vân Sơn, Nguyễn Văn Thành sai Lê Chất chống đỡ. Tướng Tây Sơn Phạm Văn Điềm tấn công Phú Yên: Nguyễn Long giữ đồn La Thai và Lưu Tiến Hòa giữ bảo Hội An đều thua trận, Hòa bị giết, Long chống không nổi để mất quân lương, bị tội. Hoàng tử thứ hai là Hy mất, nguyên giữ chức Cai đội, đi theo quân, ở tuổi 20. Sai đưa về Gia Định chôn cất. Trong hai tháng ở mặt trận, Nguyễn Vương mất hai con trai. Nguyễn Vương xuất quân từ tháng 5-6/1800 (tháng 4 ÂL), trong gần một năm, vẫn chưa giải vây được Bình Định. Võ Tánh và Ngô Tòng Châu cố thủ đã hơn một năm, trong thành gần hết lương, Trần Quang Diệu và Võ Văn Dũng vẫn bao vây chặt. Vương sai người mật báo cho Võ Tánh nên phá vòng vây ra hội với đại binh. Tánh trả lời: Liều chết giữ thành tới cùng. Tất cả quân chủ lực của Tây Sơn hiện ở đây, hoàng thượng nên lợi dụng đánh Phú Xuân[71]. Đặng Đức Siêu và Trần Văn Trạc, tham thi bộ Hình, cũng khuyên vua nên đánh Phú Xuân hiện đang bỏ trống. Đặng Đức Siêu biết rõ địa hình Phú Xuân, dâng chiến thuật: "Chia quân thuyền làm hai đạo: một đạo đánh cửa Tư Hiền, một đạo đánh cửa Noãn Hải (cửa Thuận An)"[72]. Lúc đó, Vương mới quyết định bỏ Bình Định, đánh Phú Xuân.
Trận Phú Xuân, 1801Ngày 5/6/1801 (ngày Canh Ngọ 24/4 Tân Dậu), Vương thân chinh đốc thuỷ quân ra cửa Thị Nại. Ngày 7/6/1801 (ngày Nhâm Thân 26/4 Tân Dậu) thuyền vua tới Cù Lao Chàm. Gọi Nguyễn Văn Trương ra Đà Nẵng chờ lệnh. Sai Tống Viết Phước, Trần Văn Trạc giữ Quảng Nam. Ngày 8/6/1801 (ngày Quý Dậu 27/4/Tân Dậu) họp các tướng ở Đà Nẵng, Vương quyết định đánh Phú Xuân theo chiến lược của Đặng Đức Siêu: Thuỷ quân tiến làm hai đạo, một vào cửa Eo (cửa Thận An); một vào cửa Tư Dung (tức Tư Hiền). Ngày 9/6/1801 (ngày Giáp Tuất 28/4/Tân Dậu) Vương chia nhiệm vụ: Nguyễn Văn Trương và Phạm Văn Nhơn tiến ra cửa Eo. Hoàng Văn Tự và Bạch Văn Đoài đem binh voi theo đường bộ Cu Đê. Thuyền vua tiến đóng ở vụng Chu Mãi. Ngày 11/6/1801 (ngày Bính Tý 1/5/Tân Dậu), đại binh tiến vào cửa Tư Hiền. Vua Cảnh Thịnh đã sai Phò mã Nguyễn Văn Trị và Đại đô đốc Trần Văn Tạ giữ núi Quy Sơn (Linh Thái), cho đóng cọc gỗ dưới lạch sông để ngăn quân Nguyễn. Lê Văn Duyệt và Lê Chất đi tiên phong. Quân Tây Sơn ở trên cao bắn đại bác xuống, quân Nguyễn đánh suốt ngày không tiến được. Đến đêm, mới sai quân ngầm đội mấy chục thuyền chiến, vượt bãi cát vào phá Hà Trung, phía sau lưng Tây Sơn, chia quân theo đường lạch, nhổ cọc mà tiến. Ngày 12/6/1801 (ngày Đinh Sửu 2/5/Tân Dậu) Vương thân đốc quân đến bến đò Trừng Hà, Lê Văn Duyệt bắt được Phò mã Nguyễn Văn Trị và Đô đốc Phan Văn Sách. Quân Nguyễn tiến đến cửa Thuận An. Vua Cảnh Thịnh đem đại quân ra cửa Thuận An chống với quân Nguyễn Văn Trương và Phạm Văn Nhơn, nhưng chưa giao chiến, đã bỏ chạy. Ngày 13/6/1801 (ngày Mậu Dần, 3/5/Tân Dậu) Nguyễn Vương vào kinh đô Phú Xuân. Cảnh Thịnh chạy ra Bắc. Vương sai Lê Chất đem bộ binh đuổi theo, Lê Chất (nguyên hàng tướng Tây Sơn) khua trống đi thong thả, để Quang Toản thoát, bị gọi về. Nhưng Nguyễn Ánh lờ đi, không bắt tội. Được tin Phú Xuân bị tấn công, Trần Quang Diệu sai Đại đô đốc Trương Phước Phượng và các tướng đem đại binh đi đường núi về cứu Phú Xuân; nhưng bị người Man [người Thượng] đánh lừa, dẫn đi quanh co, hết lương thực, Trương Phước Phượng đầu hàng ở Tả Trạch nguyên. Quân Tư khấu Định đến Cao Đôi gặp quân của Lê Văn Duyệt và Lê Chất, giao chiến, thua trận, Định chết ở đất Man. Các đạo quân khác bị bắt cả. Nguyễn Vương sai Nguyễn Văn Trương đem thuỷ binh tiến đánh Linh Giang (sông Gianh), chặn đường lui của Tây Sơn. Phạm Văn Nhơn giữ cửa Thuận An, Phan Văn Triệu và Tống Phước Châu giữ Tả Trạch nguyên và Tam ải. Ra lệnh ai bắt được Tây Sơn thì trọng thưởng, che giấu thì xử tử.
Lê Văn Duyệt, Lê Chất chiếm lại Quảng Ngãi, Tống Viết Phước tử trậnTháng 6/1801, mặc dù Tây Sơn đã mất cả Quảng Nam lẫn Phú Xuân, Trần Quang Diệu và Võ Văn Dũng vẫn vây siết Bình Định. Không những thế, Trần Quang Diệu còn muốn chiếm lại Quảng Nam, bèn sai Đô ngu Nguyễn Văn Giáp, Đại đô đốc Lê Danh Phong, Đô đốc Nguyễn Văn Khôn, Tham đốc Hồ Văn Tú, đem hơn 7000 quân và 40 thớt voi, ra đóng ở Lương Châu và Phố Hoa, tiến đến Điện Bàn, chiếm lại Quảng Nam. Tống Viết Phước xin cứu viện. Nguyễn Vương hạ lệnh phải giữ thành, không ra đánh đợi viện binh. Rồi sai Lê Văn Duyệt thống lính bộ binh cùng Lê Chất quay về Quảng Nam và sai Tống Viết Phước đem thuỷ binh về cứu Bình Định. Lê Chất và Lê Văn Duyệt tới Quảng Nam, Nguyễn Văn Giáp bỏ chạy. Sau khi chiếm lại được Quảng Nam, Nguyễn Ánh sai Lê Văn Duyệt, Lê Chất và Tống Viết Phước, đem quân đánh xuống Quảng Ngãi. Đại binh của Tống Viết Phước, Lê Văn Duyệt, Lê Chất đến Quảng Ngãi, bắt được Nguyễn Văn Khôn, Hồ Văn Tự, ở bảo Trà Khúc, giải về Kinh. Trần Quang Diệu nghe tin Trà Khúc mất, thân hành cùng Lê Danh Phong, Từ Văn Chiêu, đem quân, voi ra Tân Quan [Quảng Ngãi] đặt đồn trại dọc núi chống giữ. Lê Văn Duyệt tiến đóng đồn Thanh Hảo [Quảng Ngãi] đắp lũy dài phòng bị. Tống Viết Phước đem thuỷ binh vào cửa Sa Huỳnh [Quảng Ngãi] thắng các trận My Sơn và Cung Quăng, tiến tới Bức Cốc [tức Hang Dơi ở Bến Đá Bình Định] thì bị phục binh Tây Sơn giết chết. Đại đô đốc Lê Danh Phong, thuộc tướng của Trần Quang Diệu, giữ Tân Quan đầu hàng. Quân Nguyễn chiếm xong Quảng Ngãi. Trong dịp thăng thưởng tướng sĩ tháng 7/1801, ba người Pháp Chaigneau Nguyễn Văn Thắng Vannier Nguyễn Văn Chấn và de Forçanz Lê Văn Lăng quản các thuyền Long Phi, Phượng Phi và Bằng Phi, được thăng từ Cai đội lên Cai cơ[73]. Nguyễn Văn Trương được thăng Khâm sai Chưởng Trung quân Bình Tây đại tướng quân Quận công[74]. Nguyễn Vương bắt đầu chuẩn bị đánh ra Bắc. Sai Giám thành Cai đội Nguyễn Văn Yên đến Động Hải ngắm đo luỹ Trấn Ninh (tức trường luỹ Động Hải), xem khắp tình thế từ núi Đầu Mâu đến cửa Nhật Lệ, vẽ bàn đồ (lũy dài 5.120 trượng). Sai đắp đường quan từ Phú Xuân đến Động Hải (Trấn Ninh). Ngày 30/8/1801 (22/7 Tân Dậu), Vương thân chinh đi Quảng Bình, xem hình thế lũy Trấn Ninh, chia đồn đặt súng chống giữ. Tháng 8-9/1801 (tháng 7 ÂL) Quân Nguyễn giữ từ Thạch Tân [Quảng Ngãi] đến sông Gianh có khoảng 4 vạn người, ở Quy Nhơn có hơn 3 vạn[75]. Sai Khâm sai thuộc nội Cai đội Ba La Di (Barisy) đi Hạ Châu (Singapore) tìm mua súng đạn[76].
Trần Quang Diệu chiếm lại Quy Nhơn, Võ Tánh, Ngô Tòng Châu tử tiếtTrong khi đại quân của Lê Văn Duyệt, Lê Chất và còn bị kẹt ở Quảng Ngãi, chưa tiến được, thì Võ Tánh và Ngô Tòng Châu ở trong thành Bình Định hết lương thực, không thể cầm cự. Thành Bình Định bị Trần Quang Diệu, Võ Văn Dũng bao vây từ tháng 1/1800 đến tháng 6/1801, là một năm rưỡi. Đã phải giết cả ngựa, voi để ăn. Thế cùng, Võ Tánh đưa thư, mật tính với Nguyễn Văn Thành liều chết đánh ra, nhưng phút chót mưu cơ bị bại lộ, không làm nữa. Võ Tánh bàn với Ngô Tòng Châu, nộp thành rồi chết. Ngô Tòng Châu uống thuốc độc tự tử ngày 5/7/1801 (25/5/Tân Dậu). Võ Tánh chôn cất Ngô Tòng Châu xong, sai lấy củi khô chất dưới lầu bát giác, viết thư cho Trần Quang Diệu, khuyên tướng sĩ không có tội, không nên giết hại, rồi phóng lửa tự đốt, ngày 7/7/1801 (27/5/Tân Dậu). Liệt Truyện viết: "Tính chết vì nghiã, Diệu dẫn quân vào thành, trông thấy thương chảy nước mắt ra, lấy lễ thu chôn, tướng sĩ ở trong thành, giặc không giết hại ai cả. Rồi các tướng sĩ ấy lần lượt ra về."[77] Chiếm được Bình Định, Trần Quang Diệu và Võ Văn Dũng sai đắp một luỹ ngang ở Vân Thê để chặn đường quân Nguyễn vận lương cho Thị Nại. Lại sai Phạm Văn Điềm ra đánh Phú Yên. Tháng 9-10/1801 (tháng 8 ÂL) Diệu và Dũng đánh Hoa An, Hoa Lộc, chiếm đường tiến đánh Phú Yên. Quân Nguyễn Văn Thành bị thiệt hại nặng. Tháng 10-11/1801 (tháng 9 ÂL), Trần Quang Diệu và Từ Văn Chiêu đem 18.000 quân tinh nhuệ lên đóng ở địa phận Thanh Hảo [Quảng Ngãi] trực diện với quân Lê Văn Duyệt và Lê Chất. Ở mặt trận Phú Yên, Nguyễn Văn Thành đánh nhau với Võ Văn Dũng. Dũng sai Nguyễn Văn Trí đem 700 quân tiếp viện, Trí bỏ Tây Sơn, theo Nguyễn Văn Thành. Từ Quảng Ngãi, Trần Quang Diệu nghe tin Võ Văn Dũng bại trận ở Phú Yên, bèn đem quân trở về bảo Lĩnh Vạn, để Từ Văn Chiêu ở lại chống với Lê Văn Duyệt ở Thanh Hảo. Võ Văn Dũng chiếm được bảo Khôi Diêu (Lò Vôi), đắp luỹ đất từ Tháp Cải đến Sản Sơn. Nguyễn Văn Thành đánh úp, thắng được. Tháng 12/1801 (tháng 11 ÂL), ở mặt trận Quảng Ngãi, Đại đô đốc Tây Sơn Lê Đình Chính ra hàng ở Thanh Hảo. Lê Văn Duyệt sai đóng gông giải về kinh, được tha. Chính dâng bản đồ 13 đạo thừa tuyên ở Bắc Hà. Ở Phú Xuân, Nguyễn Vương tiến hành việc chuẩn bị đánh ra Bắc. Sai Tống Phước Lương đem binh thuyền ra sông Gianh hợp với Đặng Trần Thường. Lại sai hữu tham tri bộ Công là Nguyễn Khắc Thiệu đem hai cơ Kiên Châu và Thiện Châu cùng hơn 390 người ty Công bộ về Gia Định đóng 200 thuyền ô, thuyền sai [thuyền đi nhiệm vụ] và thuyền chiến. Sai Tăng Quang Lưu đi Hà Tiên nấu luyện diêm tiêu để sung quân dụng. Sai chúa tầu Phượng Phi (Vannier) và Bằng Phi (de Forçanz) chở 15.000 phương gạo từ Quảng Nam đến quân thứ Thị Nại[78].
Trận Trấn Ninh, 1802Ở mặt Bắc, tháng 12/1801 (tháng 11 ÂL) Nguyễn Văn Trương đóng ở Động Hải [Trấn Ninh][79], được thám tử báo tin đại binh Tây Sơn từ Thăng Long sắp vào, bèn dâng sớ xin thêm quân. Vua Cảnh Thịnh cùng em là Quang Thuỳ cử đại binh thủy bộ 30.000 người vào đánh. Quang Thuỳ vì con vợ thứ, nên là em, nhưng nhiều tuổi hơn Quang Toản, tính can trường, được Quang Trung cho làm trấn thủ Nghệ An từ 1789. Bùi Thị Xuân, phu nhân tướng Trần Quang Diệu cũng đem 5000 quân bản bộ đến giúp. Tư lệ Đinh Công Tuyết làm tiên phong, đụng độ với quân Đặng Trần Thường ở Hoành Sơn. 200 binh Nguyễn đầu hàng, Đặng Trần Thường rút về bảo Thanh Hà[80]. Đinh Công Tuyết tiến đóng đồn Bụt Sơn, Thiếu tế Nguyên đóng đồn ở Pháp Kê, Tổng quản Siêu đóng đồn ở Ba Đồn. Thế quân Tây Sơn rất mạnh. Đặng Trần Thường phải lui quân về Ngoã Dinh[81]. Thấy thế bất lợi của quân Nguyễn, Nguyễn Vương quyết định thân chinh, để quốc thúc (chú vua) Tôn Thất Thăng giữ Phú Xuân, cùng Nguyễn Văn Khiêm quản quân ngự lâm và các đội Thần sách. Nguyễn Công Hà và Nguyễn Hữu Chính giữ cửa Thận An. Nguyễn Vương đem quân đến đóng ở Động Hải (Trấn Ninh). Tháng 1/1802 (tháng 12/ Tân Dậu), Vương triệu Phạm Văn Nhơn (đang giữ cửa Thận An) đến hành tại (chỗ vua đóng quân). Tây Sơn đánh Ngõa Dinh, Đặng Trần Thường lui về Động Hải. Tình hình quân Nguyễn khá bức bách. Binh thuyền Tống Phước Lương đến cửa Nhật Lệ. Tây Sơn tiến đến luỹ Trấn Ninh. Lúc đó mặt trận Bình Định cũng đang găng, Nguyễn Văn Thành dâng mật sớ nói Trần Quang Diệu liều chết giữ thành không thể đánh được, mà lương quân ở Thị Nại đã gần hết. Vương bèn sai Nguyễn Hữu Chính chở 25.000 phương gạo ở kinh ra tiếp tế. Tháng 2/1802 (tháng 1/Nhâm Tuất) Nguyễn Vương đang đóng ở Trấn Ninh. Cảnh Thịnh sai Nguyễn Quang Thùy và tổng quản Siêu đem bộ binh đánh Trấn Ninh. Còn Tư lệ Đinh Công Tuyết, Đô đốc Nguyễn Văn Đằng, Đô đốc Lực, kết hợp với hơn trăm thuyền của Tề Ngôi bày thủy trận ở cửa Nhật Lệ. Nguyễn Vương sai Nguyễn Văn Trương điều bát thuỷ binh ra biển tham chiến. Phạm Văn Nhơn và Đặng Trần Thường chống giữ mặt bộ. Quân Tây Sơn tấn công Trấn Ninh. Bám sát như kiến bò lên. Quân Nguyễn từ trên núi thả đá xuống, Tây Sơn chết rất nhiều. Quang Toản muốn rút quân. Bùi Thị Xuân nắm cương ngựa giữ lại. Bà cưỡi voi xuất trận, cảm tử thúc quân đánh từ sáng đến trưa, không lui[82]. Thủy quân của Nguyễn Văn Trương nhờ gió bắc thuận, cướp được 20 chiến thuyền địch ở cửa Nhật Lệ. Thấy thủy binh thua, bộ binh rối loạn, Quang Toản chạy về Đông Cao[83], Nguyễn Văn Kiên đầu hàng. Biết thuyền lương Tây Sơn còn đậu 50 chiếc ở sông Gianh, Tống Phước Lương và Nguyễn Văn Vân [con Nguyễn Văn Trương] đón đánh, bắt được hết cả thuyền lương và 700 quân. Quân Tây Sơn tan vỡ. Thượng thư Nguyễn Thế Trực, Đô đốc Trần Văn Mô, Tham đốc Bùi Văn Ngoạn, Thiếu tể Nguyên đều bị bắt. Đại thắng, Nguyễn Vương bàn rút quân về Phú Xuân. Các tướng đều muốn thừa thắng tiến ra Bắc, Nguyễn Vương nói: "Trong bọn giặc chỉ có Trần Quang Diệu là ghê nhất". Diệu chưa trừ xong không nên khinh tiến"[84]. Ngày 15/2/1802 (ngày Ất Dậu 13/1/Nhâm Tuất) Nguyễn Vương về tới Phú Xuân. Mặt trận phiá Nam, quân Nguyễn, vẫn không hạ được thành Bình Định. Tháng 4/1802 (tháng 3 ÂL), tình thế Tây Sơn ở trong thành càng ngày càng khẩn cấp. Nghe tin đại binh thua trận Trấn Ninh, Trần Quang Diệu và Võ Văn Dũng cùng các tướng Từ Văn Chiêu, Nguyễn Văn Mân, Nguyễn Văn Giáp, Nguyễn Văn Điềm, Lê Văn Hưng hơn 80 người và 3000 quân thiện chiến đem 86 thớt voi đực, ban đêm bỏ Quy Nhơn, theo đường Lào, về Nghệ An[85]. Nguyễn Vương đổi phủ Gia Định làm trấn Gia Định. Tháng 5/1802 (tháng 4 ÂL), Vương bắt đầu sửa đắp hoàng thành (Huế)[86].
Vua Gia Long ra BắcTheo lời khuyên của Đặng Đức Siêu, tham tri bộ Lễ và Trần Văn Trạc, tham tri bộ Hình, Nguyễn Vương lên ngôi hoàng đế lấy hiệu là Gia Long, trước khi tiến đánh Thăng Long. Ngày 31/5/1802 (ngày Canh Ngọ 1/5 Nhâm Tuất) lập đàn ở đồng An Ninh tế trời đất. Ngày 1/6/1802 (ngày Tân Mùi 2/5 Nhâm Tuất) kính cáo liệt tổ. Đặt hiệu là Gia Long. Ban ấn cho Quốc thúc Quận công Tôn Thất Thăng. Thăng chức cho các tướng sĩ: Nguyễn Huỳnh Đức, Nguyễn Văn Nhơn, Phạm Văn Nhơn tước Quận công. Thăng Đô thống chế Tả dinh quân Thần Sách Lê Văn Duyệt làm Khâm sai Chưởng Tả quân bình Tây tướng quân, đổi Tả đồn quân Ngự Lâm làm Hậu quân. Thăng tướng Lê Chất làm Khâm sai Chưởng Hậu quân bình Tây tướng quân... Truyền hịch 6 điểm cho dân Bắc Hà. Định 8 điều quân chính. Cử Trịnh Hoài Đức đi sứ Thanh, đặc gia chức Thượng thư: Trịnh Hoài Đức làm Thượng thư bộ Hộ. Ngày 20/6/1802 (ngày Canh Dần 21/5/Nhâm Tuất) vua rời Kinh sư, cho hoàng tử thứ tư (Minh Mạng), 11 tuổi, đi theo, kéo quân ra Bắc. Ngày 22/6/1802 (ngày Nhâm Thìn 23/5/Nhâm Tuất), đến An Lạc (Quảng Trị). Ngày 25/6/1802 (ngày Ất Mùi 26/5/Nhâm Tuất) đến Động Hải (Trấn Ninh, Quảng Bình). Ngày 26/6/1802 (ngày Bính Thân 27/5/Nhâm Tuất) đến Thanh Hà (Quảng Bình). Sai Đặng Trần Thường theo đường thượng đạo đánh úp Hoành Sơn (Đèo Ngang). Nguyễn Văn Trương điều khiển thủy binh. Lê Văn Duyệt điều khiển bộ binh, đi đường trung đạo. Nguyễn Văn Xuyên đem voi qua sông Gianh. Tham tri bộ Hộ Nguyễn Hữu Đồng vận lương. Thuỷ binh của Nguyễn Văn Trương đến cửa Ròn (Quảng Bình), Đô đốc Tây Sơn Nguyễn Văn Ngũ và Nguyễn Văn Lục thua chạy, chiếm được dinh Hà Trung (ở Nghệ An). Lê Văn Duyệt chiếm đồn Đại Nại (sở lỵ huyện Thạch Hà, Hà Tĩnh). Ngày 30/6/1802 (ngày Canh Tý 1/6 Nhâm Tuất) Gia Long ngừng ở dinh Hà Trung. Thuỷ binh tiến vào cửa biển Hội Thống, Đổng lý Nguyễn Văn Thận thua trận. Bộ binh tiến đến trấn Nghệ An, bắt được Nguyễn Lân con Nguyễn Nhạc, chiếm được đồn Tiên Lý (phủ Diễn Châu, Nghệ An). Ngày 3/7/1802 (ngày Quý Mão 4/6/Nhâm Tuất) Gia Long đến thành Nghệ An. Thiếu uý Đặng Văn Đằng, Đô đốc Đào Văn Hổ đến hàng. Quân tiền đạo tiến đến Thanh Hoa (Thanh Hoá), bắt được con Nguyễn Huệ là Đốc trấn Quang Bàn cùng với Đổng lý Nguyễn Văn Thận. Tư mã Nguyễn Văn Tứ đem quân trốn đi. Đặng Trần Thường đến hành tại, dâng tù bắt được: Con Nguyễn Huệ là Thất, tham đốc Phạm Văn Điềm, đô đốc Nguyễn Văn Ngũ. Sai giết cả. Gia Long sai Hoàng Văn Toản, Trịnh Ngọc Trí và Tôn Thất Liêm rước Từ cung [ở Gia Định] về kinh[87].
Trần Quang Diệu, Võ Văn Dũng bị bắtPhó đô Thống chế Tả dinh Võ Văn Doãn và Chánh thống Tiền đồn Lê Đức Định bắt được Thiếu Phó Trần Quang Diệu trên đường thượng đạo Nghệ An. Ngày 13/7/1802 (ngày Quý Sửu 14/6/Nhâm Tuất) Gia Long đến Thanh Hoá. Bọn Phạm Ngọc Phác, Phạm Ngọc Thụy và 19 người dân làng Ngọ Xá (huyện Nông Cống, Thanh Hoá) bắt được Tư đồ Võ Văn Dũng. Sai đóng xiềng giam lại[88]. Lê Văn Duyệt chiếm Tam Điệp, tới Thanh Hoa Ngoại (Ninh Bình), Đô đốc Tài đầu hàng. Ngày 16/7/1802 (ngày Bính Thìn 17/6/ Nhâm Tuất) Gia Long tới Ninh Bình. Thủy binh của Nguyễn Văn Trương thu phục Sơn Nam Hạ, để Trương ở lại trấn giữ. Ngày 17/7/1802 (ngày Đinh Tỵ 18/6/Nhâm Tuất) Gia Long đến Sơn Nam Thượng (Hà Nội), Đô đốc Lê Văn Hoà, Hiệp trấn Tín đầu hàng. Ngày 20/7/1802 (ngày Canh Thân 21/6/ Nhâm Tuất) Gia Long vào thành Thăng Long. Cảnh Thịnh đã bỏ chạy trước cùng với các em là Quang Thuỳ, Quang Duy, Quang Thiệu,Tư mã Nguyễn Văn Dụng, Tư mã Nguyễn Văn Tứ, Đô đốc Tú qua sông Nhị Hà đến Xương Giang (Bắc Ninh), đêm trú ở chùa Thọ Xương. Dân thôn mưu cướp. Quân đi theo tan vỡ. Quang Thùy thắt cổ tự tử, Đô đốc Tú và vợ tự tử. Tất cả bị đóng cũi đưa về Thăng Long[89]. Ngày 24/10/1802 (ngày Bính Thân 28/9 Nhâm Tuất) Gia Long rời Thăng Long, để Nguyễn Văn Thành làm Tổng trấn Bắc Thành. Ngày 27/10/1802 (ngày Kỷ Hợi 1/10 Nhâm Tuất) vua về đến Thanh Hoá yết lăng miếu ở núi Thiên Tôn. Ngày 10/11/1802 (ngày Quý Sửu 15/10 Nhâm Tuất), Gia Long về đến Phú Xuân. Đặng Đức Siêu làm bài ca Hồi loan cửu khúc. Về việc Thiếu Phó Trần Quang Diệu và Tư Đồ Võ Văn Dũng bị bắt, Thực Lục và Liệt Truyện chép hơi khác nhau: Theo Thực Lục, tháng 7/1802, Võ Văn Doãn và Lê Đức Định bắt được Trần Quang Diệu trên đường thượng đạo Nghệ An: "Diệu từ Quy Nhơn đem đồ đảng chạy trốn, chui rừng lội suối, gặp các sách Man có ai ngăn giữ thì ra sức đánh gỡ mà qua, trong khoảng vài tháng lương thực cạn hết, quân lính hao tan. Đến sách Quy Hợp, chợt gặp quan quân, tướng sĩ giặc đều mỏi, không thể đánh được. Diệu bèn bị bắt. Bắt được đồ đảng là bọn Từ Văn Chiêu, Nguyễn Văn Giáp, Lê Văn Hưng, Nguyễn Văn Mân và 76 thớt voi đực. Tin thắng trận báo lên. Vua sai Lê Văn Duyệt đóng xiềng giam lại, dặn không được tự tiện giết. Sau Văn Chiêu ốm, sai giết"[90]. "Ngày Quý Sửu [14/6/Nhâm Tuất,13/7/1802] xa giá đến Thanh Hoa [Thanh Hoá]... Bọn Phạm Ngọc Phác, Phạm Ngọc Thụy và 19 người dân làng Ngọ Xá (thuộc huyện Nông Cống) bắt được tư đồ giặc là Võ Văn Dũng và 3 người đồ đảng, giải đến hành tại. Sai đóng xiềng giam lại".[91] Liệt Truyện chép rằng: "Bộ quân của Lê Văn Duyệt, Lê Chất đến sông Thanh Long cướp kho Kỳ Lân. Trấn thủ Nghệ An ngụy là Nguyễn Văn Thận, hiệp trấn Nguyễn Triêm, thuỷ quân thống lĩnh Đại, thiếu uý Đăng bỏ thành chạy đến đồn Tiên Lý (tức thành phủ Diễn Châu), Triêm tự thắt cổ chết, Thận chạy đến Thanh Hoá. Quang Diệu từ Quy Hợp xuống Hương Sơn (Nghệ An), nghe thấy Nghệ An đã phá, bèn qua Thanh Chương sang sông Thanh Long, những người đi theo dần dần tản đi cả. Diệu và vợ là Thị Xuân đều bị quan quân bắt sống; Văn Dũng cũng bị thổ dân Nông Cống (Thanh Hoá) bắt giải. Đại binh đến Thanh Hoá, ngụy đốc trấn là Quang Bàn và Thận cùng Đằng đều xin hàng."[92] Liệt Truyện chép: "Diệu và vợ", trong khi Thực Lục không nói gì đến bà Bùi Thị Xuân. Thực Lục thường vắn tắt kể các dữ kiện, chép những gì thực chính xác. Còn Liệt Truyện kể chuyện, đôi khi có suy đoán thêm. Vì vậy, việc bắt được Bùi Thị Xuân còn là một tồn nghi. Chưa chắc bà Bùi Thị Xuân đã bị bắt, bởi Thực Lục cũng như Liệt Truyện không nói đến việc Trần Quang Diệu gặp Bùi Thị Xuân ở đâu và chỗ nào.
Tây Sơn bị bắt và bị hành hìnhTổng kết, từ tháng 6/1801 đến tháng 7/1802, quân Nguyễn đã bắt được gia quyến, các quan và tướng lãnh sau đây của nhà Tây Sơn: Lê Văn Duyệt bắt được Phò mã Nguyễn Văn Trị và Đô đốc Phan Văn Sách ở mặt trận Phú Xuân. Tại Quảng Bình, các em của Quang Toản là: Quang Cương, Quang Tự, Quang Điện và hơn 30 người đàn bà, con gái bị đem nộp lấy thưởng. Nội hầu Lê Văn Lợi, Thiếu úy Văn Tiến Thể, Phụ chính Trần Văn Kỷ, Thượng thư bộ Lại Hồ Công Diệu... ra hàng. Gia Long cho Nguyễn Thiếp trở về Nghệ An. Đóng cũi Nguyễn Quang Cương, Tham lĩnh Ngoạn, Tham lĩnh Tuân giải về Bình Định. Còn Nguyễn Quang Tự, Nguyễn Quang Điện, Phò mã Nguyễn Văn Trị bị giải về Gia Định, rồi sai giết đi. Tháng 6/1801, bắt được các tướng Nguyễn Văn Khôn, Hồ Văn Tự, ở bảo Trà Khúc [Quảng Ngãi] đem giải về Kinh[93]. Tháng 11-12/1801 (tháng 10 ÂL) phụ chính Trần Văn Kỷ đã ra hàng, tìm cách liên lạc lại với vua Cảnh Thịnh, bị giết. Tháng 12/1801 (tháng 11 ÂL) Thực Lục ghi: "Phá huỷ mộ Tây Sơn Nguyễn Huệ, bổ săng, phơi thây, bêu đầu ở chợ. Con trai, con gái, họ hàng và tướng hiệu, 31 người, đều bị lăng trì cắt nát thây". Rồi ra bố cáo: "Bắt được con cái tướng tá của Nguyễn Văn Huệ nhiều không kể xiết (...) Nay đã phá huỷ mồ của vợ chồng giặc Huệ, bêu đầu phơi xác. Đồ đảng của chúng bắt được cũng đều giết hết". Tháng 4/1802 (tháng 3 ÂL) Nguyễn Văn Vân bắt được ba người con của Nguyễn Nhạc là Thanh, Hán và Dũng, đem nộp, sai giết cả. Tháng 6/1802, bắt được Nguyễn Lân con Nguyễn Nhạc, ở Nghệ An. Ngày 3/7/1802, Thiếu uý Đặng Văn Đằng, Đô đốc Đào Văn Hổ đến hàng ở Nghệ An. Bắt được con Nguyễn Huệ là Đốc trấn Quang Bàn cùng Đổng lý Nguyễn Văn Thận ở Thanh Hoá. Tư mã Nguyễn Văn Tứ đem quân trốn đi. Đặng Trần Thường dâng tù bắt được: con Nguyễn Huệ là Thất, Tham đốc Phạm Văn Điềm, Đô đốc Nguyễn Văn Ngũ, sai đem giết cả. Tháng 7/1802, Phó đô thống Tả dinh Võ Văn Doãn và Chánh thống Tiền đồn Lê Đức Định bắt được Thiếu phó Trần Quang Diệu trên đường thượng đạo Nghệ An. Ngày 13/7/1802, bọn Phạm Ngọc Phác, Phạm Ngọc Thụy và 19 người dân làng Ngọ Xá (huyện Nông Cống, Thanh Hoá) bắt được tư đồ Võ Văn Dũng. Sai đóng xiềng giam lại[94]. Ngày 20/7/1802 (ngày Canh Thân 21/6/ Nhâm Tuất) vua Gia Long đến thành Thăng Long. Ra lệnh: "Những kẻ có nhận quan chức của giặc ra thú thì được miễn tội, gần thì hạn 3 ngày, xa thì hạn 5 ngày. Nếu quá hạn mà không ra thú, bị người ta bắt được thì làm tội. Những tàn quân của giặc mang theo binh khí trốn về, thì lập tức phải đến cửa quân trao nộp, nếu cất giấu thì xử theo quân pháp".[95] Vua Cảnh Thịnh bỏ chạy cùng với các em là Quang Thùy, Quang Duy, Quang Thiệu và Tư mã Nguyễn Văn Dụng, Tư mã Nguyễn Văn Tứ, Đô đốc Tú, đến Xương Giang (thuộc Bắc Ninh). Quân đi theo tan vỡ. Quang Thùy thắt cổ tự tử. Đô đốc Tú và vợ tự tử. Tất cả bị đóng cũi đưa về Thăng Long[96]. "Năm Minh Mạng thứ 12 (1831), bắt được con Nhạc là Văn Đức, Văn Lương, cháu là Văn Đâu (con Văn Đức) đều đem chém ngang lưng. Bấy giờ dòng giống Tây Sơn không còn sót một người nào nữa"[97]. Tháng 11-12/1802 (tháng 11/Nhâm Tuất) làm lễ tuyên cáo võ công. Ngày 30/11/1802 (ngày Quý Dậu, 6/11 Nhâm Tuất) tế thiên điạ. Ngày 1/12/1802 (ngày Giáp tuất, 7/11 ÂL) tế hiến phù (dâng những người bắt được) ở Thái Miếu. Thực Lục viết: "Sai Nguyễn Văn Khiêm là Đô thống chế dinh Túc trực, Nguyễn Đăng Hựu là Tham tri Hình bộ, áp dẫn Nguyễn Quang Toản và em là Quang Duy, Quang Thiệu, Quang Bàn ra ngoài cửa thành, xử án lăng trì cho 5 voi xé xác. (Dùng 5 con voi chia buộc vào đầu và hai tay hai chân, rồi cho voi xé, đó là một thứ cực hình), đem hài cốt của Nguyễn Văn Nhạc và Nguyễn Văn Huệ giã nát rồi vứt đi, còn xương đầu lâu của Nhạc, Huệ, Toản và mộc chủ [bài vị] của vợ chồng Huệ thì đều giam ở Nhà đồ Ngoại (sau đổi là Vũ Khổ) năm Minh Mạng thứ 2, đổi giam vào ngục thất cấm cố mãi mãi. Còn đồ đảng là bọn Trần Quang Diệu, Võ Văn Dũng đều xử trị hết phép, bêu đầu cho mọi người biết. Xuống chiếu bố cái trong ngoài"[98]. Trong bài chiếu gửi toàn dân, có nói rõ tên chức của các quan tướng bị giết: "Thiếu phó Trần Quang Diệu, Tư đồ Võ Văn Dũng, Tư mã Nguyễn Văn Tứ, Đổng lý Nguyễn Văn Thận, Đô ngu Nguyễn Văn Giáp, Thống tướng Lê Văn Hưng, cùng với bè lũ đầu sỏ đều đã bắt giam, đều đem giết cả, bêu đầu bảo cho dân chúng."[99] Bè lũ đầu sỏ ở đây có thể hiểu là một phần hay toàn bộ những người bị bắt đã kể trên. Tướng bị bắt nhưng xét "vô danh" như Đô đốc Đinh Công Tuyết, "không nỡ giết". Trên nguyên tắc, người đầu hàng không bị tội, trừ khi, trước đã hàng, sau theo lại Tây Sơn, như thái bảo Phạm Văn Tham, phụ chính Trần Văn Kỷ, tham đốc Phạm Văn Điềm, đô đốc Nguyễn Văn Ngũ, đều bị giết. Cũng không thấy tên bà Bùi Thị Xuân. Vậy có thể bà đã trốn thoát.
[1] Luân là do Trần Trọng Kim đọc, Ngô Đức Thọ sửa lại là Cốn (Ngô Đức Thọ, Chữ huý Việt Nam qua các triều đại, Văn Hoá, 1997, t.124-126. [2] Nguyễn Phước Thuần sinh năm Giáp Tuất (1754). [3] Tống Phước Hiệp, tướng giỏi nhất của chúa Nguyễn ở thời điểm cuối cùng, trước khi bị tận diệt, thuộc dòng dõi Tống Phước Trị (trấn thủ Thuận Hoá đời Lê, theo chúa Nguyễn từ đầu). Đời Võ Vương Nguyễn Phước Khoát, Tống Phước Hiệp làm làm Lưu thủ dinh Long Hồ. Năm 1744, Tây Sơn nổi dậy, chiếm đến Bình Thuận, Điều khiển Gia Định Nguyễn Cửu Đàm uỷ Tống Phước Hiệp và Nguyễn Khoa Thuyên lãnh tướng sĩ 5 dinh đi đánh, chiếm lại được Bình Thuận, Diên Khánh và Bình Khang (Khánh Hoà) (Liệt Truyện tiền biên, t.133). [4] Phủ Bình Khang, Gia Long năm thứ 2 đổi thành phủ Bình Hoà, Minh Mạng thứ 12, đổi thành phủ Ninh Hoà, năm thứ 13, chia tỉnh hạt, gọi là tỉnh Khánh Hoà (Đại Nam Nhất Thống Chí (ĐNNTC) nxb Thuận Hoá, 1992, III, t. 89). [5] Tức dinh Hà Trung ở Nghệ An, không phải phủ Hà Trung thuộc tỉnh Thanh Hoá (ĐNNTC, II, t. 226). [6] Phước Dương là con trai của thế tử Phước Hiệp đã mất sớm. [7] Thực Lục, I, t. 204. [8] Mạc Thiên Tứ là con Mạc Cửu. Mạc Cửu, người Quảng Đông, khi nhà Minh mất, chạy sang Chân Lạp lập nghiệp thời chúa Hiển Tông Nguyễn Phước Chu (1691-1725). Khi chúa Hiển Tông chiếm hết nước Chiêm Thành, đánh xuống Chân Lạp (vùng Gia Định và Hà Tiên), Mạc Cửu và thuộc hạ theo phò (1708), chúa cho Mạc Cửu làm Tổng binh quan, trấn giữ đất ấy, đặt tên là Hà Tiên. 1735, Mạc Cửu mất. 1736, chúa Túc Tông Nguyễn Phước Chú (1725-1738) phong cho Mạc Thiên Tứ làm Hà Tiên trấn đô đốc, ban cho 3 thuyền "long bài" được miễn thuế, lại cho mở kho đúc tiền. Thiên Tứ khai phá đất Hà Tiên, lập nha thuộc, tuyển mộ quân lính, đắp thành quách, mở phố chợ, Hà Tiên thành nơi đô hội. Là người văn học, Mạc Thiên Tứ mở Chiêu Anh Các, Hà Tiên thành đất văn học. Nhưng Hà Tiên luôn luôn có binh biến, vì người Chân Lạp (Cao Mên) muốn lấy lại đất của mình và người Xiêm La muốn xâm chiếm. Năm 1771, quân Xiêm lại sang đánh, Mạc Thiên Tứ cầu cứu Gia Định, Điều khiển (quan cầm đầu) Tống Văn Khôi không tiếp cứu, nhưng Tống Phước Hiệp, Lưu thủ Long Hồ hay tin, đem quân cứu viện đến Châu Đốc, quân Xiêm thua chạy. Mạc Thiên Tứ và các con chạy về Trấn Giang, nộp thư xin nhận tội, chúa Định Vương Nguyễn Phước Thuần tha và cho Thiên Tứ trấn giữ Trấn Giang (Đại Nam Liệt Truyện, I, 184-190 và ĐNLT tiền biên, t.132). [9] Huyện Trấn Giang, thế kỷ XVIII, thuộc trấn Hà Tiên, tức là khu vục Cần Thơ (Đại Nam Liệt Truyện tiền biên, Cao Tự Thanh dịch, nxb Khoa Học Xã hội, 1995, t. 134). [10] Cửa biển Cu Đê cách huyện Hòa Vang 27 dặm về phiá Bắc. [11] Ba Giồng hay Ba Giòng (giòng Yến, giòng Kì Lân và giòng Qua Qua) tức Tam Phụ, ở giữa hai huyện Kiến Đăng và Kiến Hưng (tỉnh Định Tường), đất này gò đống chập chùng, cây cối um tùm, phiá trước có sông cái, phiá sau dựa rừng thẳm, là chỗ tụ nghiã của Đông Sơn Đỗ Thanh Nhơn (ĐNNTC, tập 5, t. 95). [12] Nguyễn Vương sai 2 Cai cơ Sâm, Tĩnh sang Xiêm thông hiếu. Cùng lúc ấy, một thuyền buôn Xiêm đi qua Hà Tiên bị lưu thủ Thăng (trấn thủ Hà Tiên tên là Thăng) cướp và giết; rồi một người Chân Lạp tâu bịa với vua Xiêm rằng Gia Định đã gửi mật thư sai Tôn Thất Xuân, Mạc Thiên Tứ làm nội ứng để chiếm Vọng Các. Vua Xiêm nổi giận, giam Sâm, Tĩnh và bắt gia đình Mạc Thiên Tứ (lánh Tây Sơn ở Vọng Các) hỏi tội. Mạc Tử Duyên (con Mạc Thiên Tứ) bị đánh chết. Mạc Thiên Tứ tự tử. Tôn Thất Xuân, Sâm và Tĩnh cùng quyến thuộc của Mạc Thiên Tứ, 53 người đều bị hại (TL, I, t. 209). [13] Trịnh Hoài Đức, Gia Định Thành Thông Chí, bản dịch Đỗ Mộng Khương, Nguyễn Ngọc Tỉnh, Giáo Dục, 1999, t. 40. [14] Còn gọi là Thất kỳ giang, nơi bẩy dòng sông họp lại ở Biên Hoà cách huyện Phước An 37 dặm về phiá tây bắc. [15] TL, I, t. 211-212. [16] Thực Lục, I, t. 211-212, Liệt Truyện, tập 2, t. 506. [17] Theo Nguyễn Đình Đầu: đồn Thảo Câu, tức Vàm Cỏ, sau đổi là Hữu Bình, khi Pháp chiếm năm 1859, gọi là Fort du Sud, ta dịch lại là Đồn Nam, nằm ở cuối kho Thương cảng, góc sông Sài Gòn với cầu Tân Thuận nay. Đồn Giác Ngư, tức Cá Trê, sau đổi là Tả Định, Pháp gọi là Fort du Nord, ta dịch lại là Đồn Bắc, ở Thủ Thiêm, bên bờ tả ngạn sông Sài Gòn đối diện với đồn Vàm Cỏ (Nguyễn Đình Đầu, Điạ lý lịch sử tp HCM, in trong Địa Chí văn hoá tpHCM, nxb tpHCM, 1987, t. 172, chú thích 2). [18] Thái trưởng công chúa Ngọc Đảo (con thứ bẩy Võ Vương, là cô của Nguyễn Ánh) cũng đến coi việc quân nhu, đều bị bọn Trần Hưng giết. [19] Thực Lục, I, t. 218. [20] Launay, Histoire de la Mission de Cochinchine (Lịch sử Truyền giáo ở nước Nam), III, t. 84-92. [21] Thư Bá Đa Lộc viết ngày 20/3/1785 gửi Hội truyền giáo (Launay, Histoire de la Mission de Cochinchine, III, t. 84-92). [22] Thực Lục I, t. 223. [23] Hoàng Lê Nhất Thống Chí, Ngô Thì Chí, Ngô Tất Tố dịch, nxb Phong trào văn hoá, Sài Gòn, 1969, t. 27. [24] Hoàng Lê, t. 37. [25] Hoàng Lê, t. 77. [26] Hoàng Lê, t. 81. [27] Liệt truyện, II, t. 538. [28] Hoàng Lê, t. 92. [29] Hoàng Lê, t.103, 105. [30] Trịnh Lệ là con chúa Trịnh Doanh (1740-1767). [31] Trịnh Bồng là con chúa Trịnh Giang (1730-1740), Bồng là chú của Lệ. [32] Thực Lục I, t. 233. [33] Alexis Faure trong cuốn Monseigneur Pigneau de Béhaine sẽ "nhận" chính sách này do Bá Đa Lộc nghĩ ra! [34] Hoàng Lê Nhất Thống Chí, t. 262, 263, 264, 268. [35] LT, II, t. 546). [36] Hoàng Lê, t. 282, LT, II, t. 546. [37] Hoàng Lê, t. 238. [38] LT, II, t. 548. [39] Hoàng Lê, t. 306-307. [40] Hoàng Lê, t. 307. [41] Liệt truyện, t. 550. [42] Hoàng Lê, t. 308. [43] LT, II, t. 550 [44] TL, I, t. 218. [45] LT, II, t. 77-282. [46] Thư Le Labousse gửi M... ngày 16/6/1792 (Launay, Histoire de la Mission de Cochinchine, III, t. 223. [47] Thư của Lavoué gửi Létondal, viết tại Lái Thiêu ngày 16/6/1792. Thư Le Labousse gửi Létondal, viết từ biên giới Cao Mên ngày 17/6/1792. Thư Bá Đa Lộc gửi Boiret ngày 20/6/1792 (Launay, III, t. 295-297). [48]Liệt Truyện ghi: "Năm Nhâm Tý Huệ chết, Toản mới 10 tuổi" (LT, 2, t. 562). Tuổi ghi trong LT là tuổi ta, vậy lúc ấy Quang Toản mới 9 tuổi tây. [49] TL, I, t. 299. [50] LT, II, t. 78. [51] LT, II, t. 321. [52] Ngày mất của vua Thái Đức được ghi ở những tài liệu sau đây: Hoàng Lê Nhất Thống Chí, t. 332: "Tháng tám năm ấy, Nhạc mất", tức tháng 8 năm Quý Sửu [tháng 9/1793]. Thư của GM Gortyne, cai quản địa phận bắc Bắc Hà, viết ngày 22/4/1794: "Tên Nhạc nổi tiếng (một trong những kẻ cầm đầu bọn nổi loạn ở trong Nam) đã chết ngày 13/12 năm ngoái [13/12/1793] ... người ta còn đồn y bị đầu độc" (Doc. Rel. à l'Epoque de Gia Long, t. 32) và Thực Lục, tháng 9 năm Quý Sửu (tháng 10/1793) ghi: "Giặc Tây Sơn Nguyễn Văn Nhạc chết" (TL, I, t. 299). Chúng tôi thấy giám mục Gortuyne ở quá xa, khó có thể biết rõ, nên tạm dùng Hoàng Lê và Thực Lục. [53] Liệt Truyện, II, t. 474. [54] Đông Cung trấn ở Gia Định có Tả quân Phạm Văn Nhơn, Giám thành sứ Tô Văn Đoài, Lễ bộ Nguyễn Đô, Tham mưu Nguyễn Thái Nguyên, Hộ bộ Phan Thiên Phúc, Hình bộ Nguyễn Văn Nghị, trợ giúp. [55] Gia Hưng, Gia Khánh, Gia Nguyên, Gia Hạnh, Gia Trinh, Gia Tường, GiaMminh, Gia Hoà, Gia Trị, Gia Thịnh, Gia Vĩnh, Gia Hựu, Gia Hy, Gia Hội, Gia Thiện (TL, I, t. 333). [56] Long Ngự, Long Hưng, Long Thượng, Long Đại, Long Nhất, Long Nhị, Long Tam, Phượng Đại, Phượng Nhị, Hồng Đại, Hồng Nhị, Hồng Tam, Loan Đại, Loan Nhất, Loan Nhị, Bằng Đại, Bằng Nhất, Bằng Nhị, Bằng Tam (TL, I, t. 347). [57] Ở xã Cần Húc, huyện Diên Phước. [58] Chỗ hai dòng sông Cẩm Lệ và Vĩnh Điện chẩy ra biển. [59] Thuộc Tây Ninh, cách Sài Gòn 29 dặm về phiá Tây Bắc. Rừng Quang Hoá, theo Trịnh Hoài Đức: "gò núi chồng chất, rừng rú liên miên, cây gỗ cao to, vượt thẳng đến trời, che rợp um tùm đến vài trăm dặm, xuồng gỗ, thuyền bè, thợ rừng, thợ mộc, kết trái dựng lều, chém lấy gỗ lạt..." (Gia Định Thành Thông Chí, t. 37). [60] Phạm Văn Triệu và Tôn Thất Chương làm Chánh, Phó thống Tiền đồn. Lê Văn Duyệt và Hoàng Viết Toản, làm Chánh, Phó thống Tả đồn. Trần Văn Tín và Phan Văn Kỳ, Chánh Phó thống Hữu đồn. Mai Đức Nghị và Nguyễn Đức Thiện, làm Chánh, Phó thống Hậu đồn. Nguyễn Đức Xuyên và Nguyễn Đình Đắc, Chánh, Phó thống Trung đồn. Lại lấy Chưởng cơ Tống Viết Phước, Tiền quân Thần Sách, làm Phó tướng Tả quân (TL, I, t. 368-369). [61] Trong một lực lượng Thần Sách hùng hậu như vậy, Olivier de Puymanel, là người có chức vụ cao nhất trong số người Pháp đến giúp Nguyễn Ánh, được giữ chức Vệ uý [cai quản một vệ, khoảng 600 quân] cũng là một ngạch cao, nhưng không phải là địa vị hàng đầu, càng không là người "thống lãnh quân đội" như những ngòi bút thuộc địa thổi phồng. Puymanel ở dưới quyền các Chánh, Phó thống Tả, Hữu, Trung... đồn [như Lê Văn Duyệt, Nguyễn Đức Xuyên...] và các vị này lại ở dưới quyền của tướng Phạm Văn Nhơn, chỉ huy quân Thần Sách. Và quân Thần Sách lại ở dưới quyền điều khiển của các tướng chỉ huy các dinh quân như Võ Tánh, Tôn Thất Hội, Nguyễn Văn Trương..., chính họ thuộc quyền trực tiếp điều khiển của Nguyễn Ánh. [62] Thực Lục, I, t. 373. [63] Thư 18/5/1799 của Jean Daniel và Antoine Neubrone từ Malacca gửi Bá Đa Lộc, La Cochinchine Religieuse, I, t. 562-563. [64] Thôn Liêm Trực, huyện Tuy Phước, Bình Định. [65] Tức Bến Đá, phiá bắc Bình Định, giáp giới Quảng Ngãi. [66] Thư Le Labousse viết cho Viện Thừa sai ngày 1/5/1800, Nouvelles Lettres Edifiantes, (Tân Huấn Thư), tập VIII, t.181-190. [67] Thư của giáo sĩ Le Labousse gửi giám đốc Hội thừa sai ngày 24/2/1800, Launay III, t. 374-382. [68] Thực Lục, I, t. 411. [69] Liệt truyện, II, t. 147. [70] Thực Lục, t. 434. [71] Liệt truyện II, t. 108. [72] Liệt truyện II, t. 188. [73] TL, t. 451. [74] TL, t. 452. [75] TL, t. 453. [76] TL, I, t. 456. [77] Liệt truyện II, t. 110. [78] Thực Lục I, t. 474. [79] Thuộc huyện Phong Lộc, tỉnh Quảng Bình. [80] Thuộc huyện Bố Trạch, tỉnh Quảng Bình. [81] Tức Dinh Ngói, ở huyện Bố Trạch, tỉnh Quảng Bình. [82] Liệt truyện, II, t. 570, Thực Lục, t. 479. [83] Thuộc huyện Bố Trạch, tỉnh Quảng Bình. [84] TL, I, t. 480. [85] TL, I , t. 499. [86] TL, I, t. 487. [87] TL, I, t. 499. [88] TL, I, t. 499, 500. [89] TL, I, t. 504. [90] TL, I, t. 499. [91] TL, I, t. 500. [92] Liệt truyện, II, t. 570-571. [93] TL, I, t. 441, 442, 444, 446, 449. [94] TL, I, t. 470, 473, 485, 499, 500. [95] TL, I, t. 503. [96] TL, I, t. 501, Liệt truyện, II, t. 571. [97] Liệt truyện II, t. 571. [98] TL, I, t. 513. [99] TL, I, t. 533. Thụy Khuê © Copyright Thuy Khue 2015
|